LXL04_009610 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009610

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 129648212-129650281 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1401 bp · LXL04_009610|LXL04_009610|OH1004|cDNA

ATGAACATGGGTTCAACAGCTCAGCAGAAGAAAACCCTACACTCGATGTTAGCAAGCAAGCTCAATAACCTCACCATTCCGCCATCATCAAATGATCAAGACTTCGATTTTGCCGATGTATTTGGCCCTAATTCATCATCTTCAGCTAATCCTAACCCTAACCTCTTCATAGGCGACCCCCAAATTATCCACAATCGATCCCACTCCTTCATTGGGCCCTCCCCTCGCTACACCCTCTCCAAATCCCTAACTTTTCACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · LXL04_009610|LXL04_009610|OH1004|CDS

ATGAACATGGGTTCAACAGCTCAGCAGAAGAAAACCCTACACTCGATGTTAGCAAGCAAGCTCAATAACCTCACCATTCCGCCATCATCAAATGATCAAGACTTCGATTTTGCCGATGTATTTGGCCCTAATTCATCATCTTCAGCTAATCCTAACCCTAACCTCTTCATAGGCGACCCCCAAATTATCCACAATCGATCCCACTCCTTCATTGGGCCCTCCCCTCGCTACACCCTCTCCAAATCCCTAACTTTTCACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · LXL04_009610|LXL04_009610|OH1004|PROTEIN

MNMGSTAQQKKTLHSMLASKLNNLTIPPSSNDQDFDFADVFGPNSSSSANPNPNLFIGDPQIIHNRSHSFIGPSPRYTLSKSLTFHHEFDLESSGEDEDLIKVEKEEEYEVEEKARLESLDYKIAPGDFEIMRVIGKGSFGKVFQVRRKDRSVINGEGEGVIGDGIFAMKVMRKDTIIKNNHVDYMKAERDILTKVVHPFIVQLRYSFQTKTKLYLILDFINGGHLFFHLYRQGIFSEDQARVYTAEIVSAVSHLHQNGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009610`
TK1151 ID	TkA03G451170
OH-1004 ID	LXL04_009610
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.588 / OH-1004 41.845 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009610

位置 Chr02:129648212-129650281 (-)

描述 Similar to ATPK2: Serine/threonine-protein kinase AtPK2/AtPK19

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g08720`	TOR 信号通路的下游效应器。	暂无已核实直接文献
`At3g08730`	参与渗透应激反应的 TOR 信号通路下游效应器。	Arabidopsis S6 kinase mutants display chromosome instability and altered RBR1-E2F pathway activity.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2010.164

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0030334 regulation of cell migration 生物过程

GO:0031269 pseudopodium assembly 生物过程

GO:0031929 TOR signaling 生物过程

GO:0032060 bleb assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G08720

ath:AT3G08730

bta:404181

ddi:DDB_G0290157

ocu:100009260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.646

排名 1 · LXL04_009610 · OH-1004

细胞核0.387

排名 2 · LXL04_009610 · OH-1004

细胞膜0.146

排名 3 · LXL04_009610 · OH-1004

内质网0.039

排名 4 · LXL04_009610 · OH-1004

高尔基体0.035

排名 5 · LXL04_009610 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase129-397 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr130-380 aa

PF03109.23ABC1212-296 aa

PF14531.13Kinase-like239-376 aa

PF17667.8Pkinase_fungal248-320 aa

PF00433.30Pkinase_C418-455 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009610	`PF00069.32`	Pkinase	129	397	2.4e-73	247.5
LXL04_009610	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	130	380	2.2e-36	126.2
LXL04_009610	`PF03109.23`	ABC1	212	296	5.6e-07	29.7
LXL04_009610	`PF14531.13`	Kinase-like	239	376	5.1e-11	43.1
LXL04_009610	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	248	320	9.2e-09	35.2
LXL04_009610	`PF00433.30`	Pkinase_C	418	455	3.6e-06	28.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39030`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase AtPK2/AtPK19	57.589%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P42818`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase AtPK1/AtPK6	55.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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