LXL04_009557 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009557

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 128948098-128950466 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1268 bp · LXL04_009557|LXL04_009557|OH1004|cDNA

GTGTCCTCCCTTTGTACCCGTAAGTACAAAGAAAAAAACACCACACAAACCCAATTTCACTGCTTTTTTTGGGGGATTTTTATGAACCCCGATTCGAAGAGATGAAGGAGAACAACAGCAACAGTAACAGCAACAATGATGGATTTGTTAGAGCCGATCAGATTGATCTCAAAAGCTTAGATGAACAGCTTGAACGTCATCTCAGTAAAGTATGGACCATGGAGAAGAACAAAAAGAAGCAACCGGACGTCGAAGACTcc...

CDS

下载 CDS FASTA

1209 bp · LXL04_009557|LXL04_009557|OH1004|CDS

CTGCTTTTTTTGGGGGATTTTTATGAACCCCGATTCGAAGAGATGAAGGAGAACAACAGCAACAGTAACAGCAACAATGATGGATTTGTTAGAGCCGATCAGATTGATCTCAAAAGCTTAGATGAACAGCTTGAACGTCATCTCAGTAAAGTATGGACCATGGAGAAGAACAAAAAGAAGCAACCGGACGTCGAAGACTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCATCAGACCACTGTCTAAGTCCACCGCGACTGATAGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

402 aa · LXL04_009557|LXL04_009557|OH1004|PROTEIN

MLFLGDFYEPRFEEMKENNSNSNSNNDGFVRADQIDLKSLDEQLERHLSKVWTMEKNKKKQPDVEDSAAAAAAAIRPLSKSTATDRIERQEWEIDPSKLIIKSILARGTFGTVHRGVYDGMDVAVKLLDWGEEGHRTEAEIQSLRTAFTQEVVVWHKLDHPNVTKFIGATMGSSELHVQTENGQIGMPSNICCVVVEYLPGGALKSYLIKNRRKKLAFKVVVQMALDLARGLSYLHSQKIVHRDVKTENMLLDKTRTVKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009557`
TK1151 ID	TkA03G448420
OH-1004 ID	LXL04_009557
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.183 / OH-1004 37.562 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009557

位置 Chr02:128948098-128950466 (+)

描述 Similar to STY13: Serine/threonine-protein kinase STY13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50000`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可磷酸化丝氨酸和苏氨酸残基上的蛋白质。	Raf-like kinases CBC1 and CBC2 negatively regulate stomatal opening by negatively regulating plasma membrane H + -ATPase phosphorylation in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1039/c9pp00329k
`At3g01490`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可磷酸化丝氨酸和苏氨酸残基上的蛋白质。	Raf-like kinases CBC1 and CBC2 negatively regulate stomatal opening by negatively regulating plasma membrane H + -ATPase phosphorylation in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1039/c9pp00329k
`At2g24360`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可磷酸化丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸残基上的蛋白质。	Genome-wide analysis and experimentation of plant serine/ threonine/tyrosine-specific protein kinases.2006 · DOI: 10.1007/s11103-005-4109-7
`At1g62400`	丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶，参与响应CO(2)的气孔运动控制。	暂无已核实直接文献
`At2g17700`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可特异性磷酸化细胞质中可裂解前序列内的叶绿体前体蛋白。	A protein kinase family in Arabidopsis phosphorylates chloroplast precursor proteins.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m606580200 The cytosolic kinases STY8, STY17, and STY46 are involved in chloroplast differentiation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182774

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009557 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001659 temperature homeostasis 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010344 seed oilbody biogenesis 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0071244 cellular response to carbon dioxide 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62400

ath:AT2G17700

ath:AT2G24360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.502

排名 1 · LXL04_009557 · OH-1004

细胞质0.416

排名 2 · LXL04_009557 · OH-1004

细胞核0.317

排名 3 · LXL04_009557 · OH-1004

高尔基体0.054

排名 4 · LXL04_009557 · OH-1004

内质网0.044

排名 5 · LXL04_009557 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr101-372 aa

PF00069.32Pkinase102-370 aa

PF14531.13Kinase-like210-319 aa

PF17667.8Pkinase_fungal229-305 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009557	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	101	372	1.5e-62	211.9
LXL04_009557	`PF00069.32`	Pkinase	102	370	3.3e-49	168.4
LXL04_009557	`PF14531.13`	Kinase-like	210	319	2.7e-06	27.6
LXL04_009557	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	229	305	5e-08	32.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGB1`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase 52	82.984%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SSA4`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase 54	76.866%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZQ31`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STY13	39.931%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2MHE4`	拟南芥	Serine/threonine/tyrosine-protein kinase HT1	36.364%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22558`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STY8	39.236%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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