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基因概览

LXL04_009481

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 127174675-127184771 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3321 bp · LXL04_009481|LXL04_009481|OH1004|cDNA

ATGGAGATGGAGCGTGTTACGGAGTTTCCAATGGGTCAACTGGACCTCAGGCCGAGGAAGCGACAGAGATTGGGGTGGGATGTGGTTCCTACACCACCGAAGGCTCAGCTAGGATTGTTTTGTGGGCAAGAGATTGGAAATGTTGCCAGCTTTGCATCTCCACGAGCACCATCAGACCACATTAGTTCTCCCCTTGTTAAGCGCGTGGCTCGAAATGCTTCTCCCCCATGGCGCCAAGATGATAAAGATGGACATTATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3321 bp · LXL04_009481|LXL04_009481|OH1004|CDS

ATGGAGATGGAGCGTGTTACGGAGTTTCCAATGGGTCAACTGGACCTCAGGCCGAGGAAGCGACAGAGATTGGGGTGGGATGTGGTTCCTACACCACCGAAGGCTCAGCTAGGATTGTTTTGTGGGCAAGAGATTGGAAATGTTGCCAGCTTTGCATCTCCACGAGCACCATCAGACCACATTAGTTCTCCCCTTGTTAAGCGCGTGGCTCGAAATGCTTCTCCCCCATGGCGCCAAGATGATAAAGATGGACATTATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1106 aa · LXL04_009481|LXL04_009481|OH1004|PROTEIN

MEMERVTEFPMGQLDLRPRKRQRLGWDVVPTPPKAQLGLFCGQEIGNVASFASPRAPSDHISSPLVKRVARNASPPWRQDDKDGHYVFAIGDNLTSRYKIHGKMGEGTFGQVLECWDKERKEMVAIKIVRGIKKYREAAMIEIDVLQQLVMHDLRLIHTDLKPENILLVSPEYVKVPDYKGSSRSPKDSSFSKRVPKSSAIKVIDFGSTTYDRQDQSYIVSTRHYRAPEVILGLGWSYPCDIWSVGCILVELCSGEALFQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009481`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009481

位置 Chr02:127174675-127184771 (+)

描述 Similar to QS: Quinolinate synthase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50210`	催化亚氨基天冬氨酸与磷酸二羟基丙酮缩合形成喹啉酸。	Characterization of Arabidopsis thaliana SufE2 and SufE3: functions in chloroplast iron-sulfur cluster assembly and Nad synthesis.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m701428200 The Arabidopsis onset of leaf death5 mutation of quinolinate synthase affects nicotinamide adenine dinucleotide biosynthesis and causes early ageing.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.056341
`At4g24740`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 AFC2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0290150`	催化亚氨基天冬氨酸与磷酸二羟基丙酮缩合形成喹啉酸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0009435 NAD+ biosynthetic process 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0034628 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-aspartate 生物过程

GO:0042179 nicotine biosynthetic process 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24740

ath:AT5G50210

nta:107813484

nta:107817199

osa:107275865

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.767

排名 1 · LXL04_009481 · OH-1004

细胞质0.162

排名 2 · LXL04_009481 · OH-1004

细胞核0.132

排名 3 · LXL04_009481 · OH-1004

线粒体0.068

排名 4 · LXL04_009481 · OH-1004

过氧化物酶体0.052

排名 5 · LXL04_009481 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase98-149 aa

PF00069.32Pkinase151-269 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr152-272 aa

PF02657.22SufE454-580 aa

PF02445.22NadA630-940 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009481	`PF00069.32`	Pkinase	98	149	1e-29	104.5
LXL04_009481	`PF00069.32`	Pkinase	151	269	1e-29	104.5
LXL04_009481	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	152	272	2.4e-11	44.1
LXL04_009481	`PF02657.22`	SufE	454	580	4.1e-30	104.9
LXL04_009481	`PF02445.22`	NadA	630	940	7.7e-31	108.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGS4`	拟南芥	Quinolinate synthase, chloroplastic	73.948%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P51567`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase AFC2	62.078%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QTL0`	水稻	Quinolinate synthase, chloroplastic	62.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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