LXL04_009407 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009407

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 125462342-125464314 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1344 bp · LXL04_009407|LXL04_009407|OH1004|cDNA

ATGAAGGAAGCATTGGTGGTTTGCGGAGAGAAGAACTTAACGGTGGGACTGACGATTTGGGACATAGAAACAGGGGATCATCTTCTTCACATACCCACATGTGCTTCACACTTCCATGGGCTCACTTGTTTGAGAAATCAGTACTTGGTTGCCTCTCAAATTCACCGCCCTGGCTCCGTCGCCGGCGGCGTCGTCTTCACCTGGCCTTTCTCCAAGCCTCGTTCACCATTACGGAGCTATACAGTTGAAGCCATTGGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1344 bp · LXL04_009407|LXL04_009407|OH1004|CDS

ATGAAGGAAGCATTGGTGGTTTGCGGAGAGAAGAACTTAACGGTGGGACTGACGATTTGGGACATAGAAACAGGGGATCATCTTCTTCACATACCCACATGTGCTTCACACTTCCATGGGCTCACTTGTTTGAGAAATCAGTACTTGGTTGCCTCTCAAATTCACCGCCCTGGCTCCGTCGCCGGCGGCGTCGTCTTCACCTGGCCTTTCTCCAAGCCTCGTTCACCATTACGGAGCTATACAGTTGAAGCCATTGGGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

447 aa · LXL04_009407|LXL04_009407|OH1004|PROTEIN

MKEALVVCGEKNLTVGLTIWDIETGDHLLHIPTCASHFHGLTCLRNQYLVASQIHRPGSVAGGVVFTWPFSKPRSPLRSYTVEAIGPLSSTNDGIYLAGGAISGNAYIWEVINGKLLKTWHAHNSPITCLAFSNDSSLLISASEDGMIVVWPMISLLDDKYSEPSHLSLNVTTDHKSFITGLLPSCNVSQSVFVSSSLDGTCKAWDIIKGTLLQTWSFPQPITATVLDPLERFLFCGSADGRIFMTSFDVGLMTEPCVDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009407`
TK1151 ID	TkA03G434460
OH-1004 ID	LXL04_009407
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009407

位置 Chr02:125462342-125464314 (+)

描述 Similar to RID3: Protein ROOT INITIATION DEFECTIVE 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49180`	参与分生组织发育。	Identification of novel meristem factors involved in shoot regeneration through the analysis of temperature-sensitive mutants of Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03750.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000448 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程

GO:1902184 negative regulation of shoot apical meristem development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005656 nuclear pre-replicative complex 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0120293 dynein axonemal particle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49180

bta:533356

dre:445819

hsa:57418

xla:733228

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539

排名 1 · LXL04_009407 · OH-1004

细胞核0.309

排名 2 · LXL04_009407 · OH-1004

溶酶体／液泡0.099

排名 3 · LXL04_009407 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 4 · LXL04_009407 · OH-1004

高尔基体0.086

排名 5 · LXL04_009407 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23414.2Beta-prop_EML_264-181 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st82-151 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz85-211 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st86-243 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st88-153 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC390-152 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st92-245 aa

PF29037.1DSE1_N92-159 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009407	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	64	181	2.2e-17	64.1
LXL04_009407	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	82	151	1.3e-39	136.5
LXL04_009407	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	85	211	1.7e-16	61.1
LXL04_009407	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	86	243	1.3e-39	136.5
LXL04_009407	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	88	153	1.5e-17	64.4
LXL04_009407	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	90	152	7.6e-21	75.0
LXL04_009407	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	92	245	8.6e-21	75.2
LXL04_009407	`PF29037.1`	DSE1_N	92	159	2.8e-09	37.3
LXL04_009407	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	93	151	5.5e-06	26.3
LXL04_009407	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	94	152	1.1e-26	94.6
LXL04_009407	`PF24814.2`	WD40_Prp19	94	217	2.6e-20	73.3
LXL04_009407	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	96	151	6.7e-11	42.8
LXL04_009407	`PF24796.2`	WDR55	97	246	1.1e-10	41.8
LXL04_009407	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	97	152	3.3e-09	37.1
LXL04_009407	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	97	152	2e-07	31.5
LXL04_009407	`PF23383.2`	Beta-prop_IFT140_1st	97	152	4.3e-06	26.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M3B4`	拟南芥	Protein ROOT INITIATION DEFECTIVE 3	30.952%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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