LXL04_009402 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009402

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 125396384-125399918 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1095 bp · LXL04_009402|LXL04_009402|OH1004|cDNA

ATGGATGCTTCTGCAACACCGTCGAAGACCCCTAAAGGGGGCTTCAAGCTCCTCGCTGATCTTCCCTCCAAAGGCCTTTTCTCCTCCACTGTCGTTTCTTCCAATTTGGGTGGAATGAGGGTCTACATGAGTGATCGTGATACATCACCTCCAGAAAACCAGCTAATAAAGACGGATCAAATGAACATACTTATTAGATCTCTTTTAATCAAGCAGCAAAACAAGGCTGAATCAAGCGCAAAAGGTGCAAACAGAAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · LXL04_009402|LXL04_009402|OH1004|CDS

ATGGATGCTTCTGCAACACCGTCGAAGACCCCTAAAGGGGGCTTCAAGCTCCTCGCTGATCTTCCCTCCAAAGGCCTTTTCTCCTCCACTGTCGTTTCTTCCAATTTGGGTGGAATGAGGGTCTACATGAGTGATCGTGATACATCACCTCCAGAAAACCAGCTAATAAAGACGGATCAAATGAACATACTTATTAGATCTCTTTTAATCAAGCAGCAAAACAAGGCTGAATCAAGCGCAAAAGGTGCAAACAGAAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · LXL04_009402|LXL04_009402|OH1004|PROTEIN

MDASATPSKTPKGGFKLLADLPSKGLFSSTVVSSNLGGMRVYMSDRDTSPPENQLIKTDQMNILIRSLLIKQQNKAESSAKGANRKEGSRKRATTKRAASNAQNSSHSEGSRSLVPENLQSLTVERIRALLKERGLSLKGRKDELIARLRGVKGTLEYMLVCFTQKWDDHGVASEEHTSFSPAKQAAATMVKYSKEPENPTKSCKARGSDLRCHFKNTRETAHALRKMSLIKAKRYLEDVLVHKQAIPFTRFCRGVGRTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009402`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009402

位置 Chr02:125396384-125399918 (+)

描述 Similar to RPL17B: 60S ribosomal protein L17-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g67430`	大核糖体亚基蛋白uL22y。	暂无已核实直接文献
`At1g27400`	大核糖体亚基蛋白 uL22z。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009402 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0061484 hematopoietic stem cell homeostasis 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0022625 cytosolic large ribosomal subunit 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27400

ath:AT1G67430

zma:541667

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.475

排名 1 · LXL04_009402 · OH-1004

线粒体0.409

排名 2 · LXL04_009402 · OH-1004

细胞质0.159

排名 3 · LXL04_009402 · OH-1004

细胞核0.063

排名 4 · LXL04_009402 · OH-1004

过氧化物酶体0.029

排名 5 · LXL04_009402 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10172.15DDA116-69 aa

PF02037.34SAP119-150 aa

PF00237.25Ribosomal_L22206-340 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009402	`PF10172.15`	DDA1	16	69	7.8e-13	49.1
LXL04_009402	`PF02037.34`	SAP	119	150	4.7e-09	36.4
LXL04_009402	`PF00237.25`	Ribosomal_L22	206	340	3.5e-30	105.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P51413`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL22y	88.571%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93VI3`	拟南芥	Large ribosomal subunit protein uL22z	88.372%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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