LXL04_009377 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009377

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 124491752-124492045 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

294 bp · LXL04_009377|LXL04_009377|OH1004|cDNA

ATGAGGCTTGAAGAGAGAACACTGCTTATGATTGCCTCCATGTTCGGTAGCAAACTGGTTCTGAAGTTCATTCTCGGATTAAATCGAGTTGATGTAAACAAATCCTGTGGTTTCGATAAGGCTACTGCTTTACACAAATCGAGTTCATCCGTAGAGGTGGTCAAGCTTTTGATCAACTCGTCTGTTGATATCACCTCCCTCGATGTTCACGGGAATCTACCTGTTGACTTAATTCCTTTAGTGTTCGGCTCCGAGAAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

294 bp · LXL04_009377|LXL04_009377|OH1004|CDS

ATGAGGCTTGAAGAGAGAACACTGCTTATGATTGCCTCCATGTTCGGTAGCAAACTGGTTCTGAAGTTCATTCTCGGATTAAATCGAGTTGATGTAAACAAATCCTGTGGTTTCGATAAGGCTACTGCTTTACACAAATCGAGTTCATCCGTAGAGGTGGTCAAGCTTTTGATCAACTCGTCTGTTGATATCACCTCCCTCGATGTTCACGGGAATCTACCTGTTGACTTAATTCCTTTAGTGTTCGGCTCCGAGAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

97 aa · LXL04_009377|LXL04_009377|OH1004|PROTEIN

MRLEERTLLMIASMFGSKLVLKFILGLNRVDVNKSCGFDKATALHKSSSSVEVVKLLINSSVDITSLDVHGNLPVDLIPLVFGSEKKSIQSTSLSPT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009377`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009377

位置 Chr02:124491752-124492045 (+)

描述 Similar to At5g58620: Zinc finger CCCH domain-containing protein 66

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58620`	含锌指CCCH结构域的蛋白66。	暂无已核实直接文献
`At5g12850`	含锌指CCCH结构域的蛋白56。	暂无已核实直接文献
`At2g40140`	参与盐胁迫响应。	暂无已核实直接文献
`At3g55980`	参与盐胁迫响应。	暂无已核实直接文献
`At2g41900`	含锌指 CCCH 结构域蛋白 30。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009377 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1902074 response to salt 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40140

ath:AT2G41900

ath:AT3G55980

ath:AT5G12850

ath:AT5G58620

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.585

排名 1 · LXL04_009377 · OH-1004

细胞质0.442

排名 2 · LXL04_009377 · OH-1004

线粒体0.046

排名 3 · LXL04_009377 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 4 · LXL04_009377 · OH-1004

内质网0.023

排名 5 · LXL04_009377 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_29-66 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009377	`PF12796.14`	Ank_2	9	66	1.9e-06	29.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUZ4`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 66	50.602%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LXV4`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 56	49.398%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XEE6`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 29	45.783%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93ZS9`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 47	42.683%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P93755`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 30	42.308%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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