LXL04_009355 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009355

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 123890538-123893066 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1011 bp · LXL04_009355|LXL04_009355|OH1004|cDNA

ATGACAGTGATTAGAGATGATTATTCTCGTTATAAGTCACCCGACAATCTCCATCTTCCTCCCTCCTTCAAAAATTCAATACACTTTGGCTTAACCATGGATCTGATCCACAAGCTCTTAAACTTTGTTCTTCCTATCGTAACCATCGTCCTCTTAGTATTGCTCTATCCCCTGGTCTTACTGTTCAGGTTCTTCAACTACCTTATCAGATTCGCTTTCCCTGAAAAACTCGCCCGAAAGGTAGCACTCATCACCGGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1011 bp · LXL04_009355|LXL04_009355|OH1004|CDS

ATGACAGTGATTAGAGATGATTATTCTCGTTATAAGTCACCCGACAATCTCCATCTTCCTCCCTCCTTCAAAAATTCAATACACTTTGGCTTAACCATGGATCTGATCCACAAGCTCTTAAACTTTGTTCTTCCTATCGTAACCATCGTCCTCTTAGTATTGCTCTATCCCCTGGTCTTACTGTTCAGGTTCTTCAACTACCTTATCAGATTCGCTTTCCCTGAAAAACTCGCCCGAAAGGTAGCACTCATCACCGGAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

336 aa · LXL04_009355|LXL04_009355|OH1004|PROTEIN

MTVIRDDYSRYKSPDNLHLPPSFKNSIHFGLTMDLIHKLLNFVLPIVTIVLLVLLYPLVLLFRFFNYLIRFAFPEKLARKVALITGASSGIGEYLAYEYAKSGARLALVARRKEQLEAVAGRARELGSPDVIVISADVSKVDDCKRFVDETIHHFGTLNHLVNNAGVCYIEDQRSSSDYLSLMDVNFWGSVNTTQFALPHLHNSKGKIVVVSSCAGWFAMPKLGIYCASKAALIRYFETLRVEVGSDIGITIVTPGVVES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009355`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009355

位置 Chr02:123890538-123893066 (-)

描述 Similar to HSD2: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47350`	11-β-羟类固醇脱氢酶样2。	暂无已核实直接文献
`At5g50690`	11-β-羟基类固醇脱氢酶样蛋白4B。	暂无已核实直接文献
`At5g50590`	11-β-羟类固醇脱氢酶样4A。	暂无已核实直接文献
`At3g47360`	11-β-羟类固醇脱氢酶样3。	暂无已核实直接文献
`At5g50700`	催化 11-β、17-β-羟基类固醇并还原 17-β-酮类固醇。	Regulation of HSD1 in seeds of Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp092

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009355 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006694 steroid biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0070524 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47350

ath:AT3G47360

ath:AT5G50590

ath:AT5G50600

ath:AT5G50690

ath:AT5G50700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.645

排名 1 · LXL04_009355 · OH-1004

细胞质0.147

排名 2 · LXL04_009355 · OH-1004

高尔基体0.113

排名 3 · LXL04_009355 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 4 · LXL04_009355 · OH-1004

细胞核0.092

排名 5 · LXL04_009355 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short80-266 aa

PF08659.17KR82-232 aa

PF13561.13adh_short_C286-264 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009355	`PF00106.32`	adh_short	80	266	1e-45	156.4
LXL04_009355	`PF08659.17`	KR	82	232	2.6e-10	41.2
LXL04_009355	`PF13561.13`	adh_short_C2	86	264	1.8e-29	103.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STY8`	拟南芥	11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase-like 2	50.165%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUF2`	拟南芥	11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase-like 4B	48.805%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0DKC7`	拟南芥	11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase-like 4A	48.805%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9STY7`	拟南芥	11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase-like 3	50.165%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0DKC6`	拟南芥	11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1B	49.359%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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