基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_009292
当前版本: OH-1004
染色体: Chr02
坐标: 122097493-122098976
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1404 bp · LXL04_009292|LXL04_009292|OH1004|cDNA
ATGTCCATTATCTCCACTTTAAAGAATATATTGGAAGGCCATTTGTATGCAGGTTCCGATCCCGCATTAAAACTTATCTTAATAACCATACTCATATGTATTCTTTTGTTAGGTTCCTACATGACTAAAAAAAAATCATGCGGGGTTTATTTAATAGACTTTGCATGTTACAAGCCCCCAGATGCTCAAAAGGTCACAAAGCAAACGTGTATCGAGAATCTAAAGCATATGGGAGTTTACTCAGAAGAAATGATGCGGTT...
CDS
下载 CDS FASTA1404 bp · LXL04_009292|LXL04_009292|OH1004|CDS
ATGTCCATTATCTCCACTTTAAAGAATATATTGGAAGGCCATTTGTATGCAGGTTCCGATCCCGCATTAAAACTTATCTTAATAACCATACTCATATGTATTCTTTTGTTAGGTTCCTACATGACTAAAAAAAAATCATGCGGGGTTTATTTAATAGACTTTGCATGTTACAAGCCCCCAGATGCTCAAAAGGTCACAAAGCAAACGTGTATCGAGAATCTAAAGCATATGGGAGTTTACTCAGAAGAAATGATGCGGTT...
467 aa · LXL04_009292|LXL04_009292|OH1004|PROTEIN
MSIISTLKNILEGHLYAGSDPALKLILITILICILLLGSYMTKKKSCGVYLIDFACYKPPDAQKVTKQTCIENLKHMGVYSEEMMRFMRKVLDKSGIGDTTYVPEVFLKKDCDPCMKDARREIEMSVFGSIDMLLAKTGVRCEDIGILIVNCCVYNTMPSLSSMIVNKYKLRDNIISYNVVGMGCSAGLRAIGLAEKLLQVHHDSYALVMSTEGVTESCYLGDVRSKLLANGIFRVGGAAILLSNRPSDHHNCKYKLIHT...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_009292 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_009292 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr02:122097493-122098976 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to KCS2: 3-ketoacyl-CoA synthase 2 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000038 very long-chain fatty acid metabolic process 生物过程 GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009416 response to light stimulus 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程 GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程 GO:0160062 cutin-based cuticle development 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G04220 ath:AT1G19440 ath:AT2G26640 ath:AT4G34510 ath:AT5G43760 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.724
细胞膜0.155
细胞质0.102
溶酶体／液泡0.054
高尔基体0.050
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF08392.19FAE1_CUT1_RppA44-330 aaPF08541.17ACP_syn_III_C345-427 aaPF02797.22Chal_sti_synt_C350-426 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_009292 | PF08392.19 | FAE1_CUT1_RppA | 44 | 330 | 8.8e-110 | 367.3 |
| LXL04_009292 | PF08541.17 | ACP_syn_III_C | 345 | 427 | 1.1e-11 | 45.4 |
| LXL04_009292 | PF02797.22 | Chal_sti_synt_C | 350 | 426 | 3.6e-06 | 27.8 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q5XEP9 | 拟南芥 | 3-ketoacyl-CoA synthase 2 | 49.002% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O48780 | 拟南芥 | 3-ketoacyl-CoA synthase 11 | 51.152% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9FG87 | 拟南芥 | 3-ketoacyl-CoA synthase 20 | 49.231% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O65677 | 拟南芥 | 3-ketoacyl-CoA synthase 17 | 45.455% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9LN49 | 拟南芥 | 3-ketoacyl-CoA synthase 4 | 47.113% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |