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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_009291
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 122092166-122096993 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2664 bp · LXL04_009291|LXL04_009291|OH1004|cDNA

ATGTGGGTTATCAAACCCTTATGCATCACGCCTGCCGTAAGATTCGAACTCGTGACCTCCCAAACGATCATTGCAACACAACTTTTAAAGAGTAAGAGCAATATAGGAAACATCGGGGACTTCAATGGCAGCCACGAAAAATCGCTACCTCTGTTTTCCCTCCTCCCTATTTCCCCGCATCTTTCATTCAAAGATGATCCCAAACccactctttctctctctacGTTGTCCTTTCCTGTTATTGTTCCTACATCCTTCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2664 bp · LXL04_009291|LXL04_009291|OH1004|CDS

ATGTGGGTTATCAAACCCTTATGCATCACGCCTGCCGTAAGATTCGAACTCGTGACCTCCCAAACGATCATTGCAACACAACTTTTAAAGAGTAAGAGCAATATAGGAAACATCGGGGACTTCAATGGCAGCCACGAAAAATCGCTACCTCTGTTTTCCCTCCTCCCTATTTCCCCGCATCTTTCATTCAAAGATGATCCCAAACCCACTCTTTCTCTCTCTACGTTGTCCTTTCCTGTTATTGTTCCTACATCCTTCCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

887 aa · LXL04_009291|LXL04_009291|OH1004|PROTEIN

MWVIKPLCITPAVRFELVTSQTIIATQLLKSKSNIGNIGDFNGSHEKSLPLFSLLPISPHLSFKDDPKPTLSLSTLSFPVIVPTSFLSVIDSERHDHKIQEAMMYFSKLDDSPMFRQQIQCLEEIAETLRERGSKFYKGCRKYTDGLNEANERDAAFASSLENFGGGPDPISVAVGGPDMIKFAVVLREVGTYKESLRTKVEHTLSDRLLRFTNIELQDIKEARKRFDKADAVYSQIRDKFLSLRKSTRTEIASAMEEEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_009291
TK1151 IDTkA03G416110
OH-1004 IDLXL04_009291
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.747 / OH-1004 88.839
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_009291
位置Chr02:122092166-122096993 (+)
描述Similar to AGD3: ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g13300 ADP 核糖基化因子 的 GTP 酶激活蛋白。
A series of novel mutants of Arabidopsis thaliana that are defective in the formation of continuous vascular network: calling the auxin signal flow canalization hypothesis into question.2000 · DOI: 10.1242/dev.127.15.3197
VAN3 ARF-GAP-mediated vesicle transport is involved in leaf vascular network formation.2005 · DOI: 10.1242/dev.01716
At5g61980 推测的 GTP酶激活蛋白（通过相似性）。
A class I ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein is critical for maintaining directional root hair growth in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.119529
At1g10870 可能的 GTP 酶激活蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g60860 可能的 GTP 酶激活蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009291 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0030029 actin filament-based process 生物过程
GO:0032456 endocytic recycling 生物过程
GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程
GO:1990090 cellular response to nerve growth factor stimulus 生物过程
GO:0001726 ruffle 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G10870
ath:AT1G60860
ath:AT5G13300
ath:AT5G61980
rno:619382
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.604
排名 1 · LXL04_009291 · OH-1004
细胞膜0.209
排名 2 · LXL04_009291 · OH-1004
细胞核0.186
排名 3 · LXL04_009291 · OH-1004
高尔基体0.164
排名 4 · LXL04_009291 · OH-1004
溶酶体／液泡0.107
排名 5 · LXL04_009291 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16746.11BAR_3109-338 aa
PF03114.24BAR123-319 aa
PF00169.36PH394-521 aa
PF01412.24ArfGap590-710 aa
PF12796.14Ank_2790-857 aa
PF13857.13Ank_5791-834 aa
PF00023.37Ank794-825 aa
PF13606.13Ank_3794-823 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_009291PF16746.11BAR_31093386.1e-36124.9
LXL04_009291PF03114.24BAR1233192.6e-1041.1
LXL04_009291PF00169.36PH3945215.6e-1453.3
LXL04_009291PF01412.24ArfGap5907104.4e-35121.0
LXL04_009291PF12796.14Ank_27908572.2e-1351.3
LXL04_009291PF13857.13Ank_57918344.7e-1659.4
LXL04_009291PF00023.37Ank7948257.5e-1554.9
LXL04_009291PF13606.13Ank_37948236e-1142.2
LXL04_009291PF13637.13Ank_47998481.1e-0939.0
LXL04_009291PF13857.13Ank_58148674.7e-1659.4
LXL04_009291PF00023.37Ank8288587.5e-1554.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5W7F2拟南芥ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD357.683%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FIT8拟南芥ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD154.077%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SMX5拟南芥ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD441.502%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9C6C3拟南芥ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD241.636%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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