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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_009260
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 121482221-121487182 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3021 bp · LXL04_009260|LXL04_009260|OH1004|cDNA

ATGTTTGATGTCTTTTATTTTTTCAGATCTTTAAGGATGGCGCAACCAGCTGGAAATTCAGGATGGCTGAGAGGAAGAGTAAAAGCTGTTATGTCTGGCGATACCTTGGTGATTATGGGATTCACCAAAGCTGAAATCCCCCCAGAGAAGACTATCGTTTTAGCTCATCTTTCGGCTCCAAGATTAGCTCGTAGAGGTGGCCAAGATGACCCATTTGCATGGGAAAGCCGAGAATTTCTTCGGAAATTATGTATAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3021 bp · LXL04_009260|LXL04_009260|OH1004|CDS

ATGTTTGATGTCTTTTATTTTTTCAGATCTTTAAGGATGGCGCAACCAGCTGGAAATTCAGGATGGCTGAGAGGAAGAGTAAAAGCTGTTATGTCTGGCGATACCTTGGTGATTATGGGATTCACCAAAGCTGAAATCCCCCCAGAGAAGACTATCGTTTTAGCTCATCTTTCGGCTCCAAGATTAGCTCGTAGAGGTGGCCAAGATGACCCATTTGCATGGGAAAGCCGAGAATTTCTTCGGAAATTATGTATAGGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1006 aa · LXL04_009260|LXL04_009260|OH1004|PROTEIN

MFDVFYFFRSLRMAQPAGNSGWLRGRVKAVMSGDTLVIMGFTKAEIPPEKTIVLAHLSAPRLARRGGQDDPFAWESREFLRKLCIGKLRLSGPSPTSKAPTKHLGLRTESDIRGKFLGLRLYWADRVRGKRSDRVRGPSPTDIIKRTDHGPSPWSESESVDVVFRTEYTIPNFSREFCSVFIGSSNVGNEVVTHGWAKVKEGKGEITPDHTELLRLEEQAKQGGVGLWDRSPGAVEAAIRHLPPSAVGDPSNLDAMGLLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_009260
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_009260
位置Chr02:121482221-121487182 (+)
描述Similar to TSN1: Ribonuclease TUDOR 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g07350 抵抗非生物胁迫所需的细胞保护性核糖核酸酶 ，在胁迫期间充当 mRNA 脱帽的正调节因子。
The RNA binding protein Tudor-SN is essential for stress tolerance and stabilizes levels of stress-responsive mRNAs encoding secreted proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.070680
Tudor-SN, a component of stress granules, regulates growth under salt stress by modulating GA20ox3 mRNA levels in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/jxb/eru334
At5g61780 细胞保护性核糖核酸酶（RNase），在非生物胁迫下必需，通过应激期间促进mRNA去帽作为正向调控器。
The RNA binding protein Tudor-SN is essential for stress tolerance and stabilizes levels of stress-responsive mRNAs encoding secreted proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.070680

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009260 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010372 positive regulation of gibberellin biosynthetic process 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0034605 cellular response to heat 生物过程
GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程
GO:0000932 P-body 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G07350
ath:AT5G61780
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.732
排名 1 · LXL04_009260 · OH-1004
细胞核0.288
排名 2 · LXL04_009260 · OH-1004
过氧化物酶体0.127
排名 3 · LXL04_009260 · OH-1004
线粒体0.090
排名 4 · LXL04_009260 · OH-1004
内质网0.063
排名 5 · LXL04_009260 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00565.24SNase166-229 aa
PF00565.24SNase353-444 aa
PF00565.24SNase490-631 aa
PF00567.31TUDOR746-870 aa
PF00565.24SNase877-982 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_009260PF00565.24SNase1662296.3e-44149.5
LXL04_009260PF00565.24SNase3534446.3e-44149.5
LXL04_009260PF00565.24SNase4906316.3e-44149.5
LXL04_009260PF00567.31TUDOR7468703.9e-2279.3
LXL04_009260PF00565.24SNase8779826.3e-44149.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZG7拟南芥Ribonuclease TUDOR 166.667%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FLT0拟南芥Ribonuclease TUDOR 264.634%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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