LXL04_009238 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009238

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 121176241-121177401 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

330 bp · LXL04_009238|LXL04_009238|OH1004|cDNA

ATGGGTTTCTTAAAGATCTGCCCAGACCCGGCGATCTTTCCGCCACTAACAGCAGCAGATACAGTCATTACAACGGATCAAGTTCCTCATTTCCCTTCAAAGACCGCTGTTTCCATTGTTGAAGAAGAGCTTGGAGTCCCTGTTAATAAAGTCTTTGATTTCTTTGATTTTGAACCGATAGCTGCTGCCAGTCTTGAAAACAGAATAATGGAAGAAGCTgaagaaagaagaaagatgAGAGATAATAAAAAGAAAGCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

330 bp · LXL04_009238|LXL04_009238|OH1004|CDS

ATGGGTTTCTTAAAGATCTGCCCAGACCCGGCGATCTTTCCGCCACTAACAGCAGCAGATACAGTCATTACAACGGATCAAGTTCCTCATTTCCCTTCAAAGACCGCTGTTTCCATTGTTGAAGAAGAGCTTGGAGTCCCTGTTAATAAAGTCTTTGATTTCTTTGATTTTGAACCGATAGCTGCTGCCAGTCTTGAAAACAGAATAATGGAAGAAGCTGAAGAAAGAAGAAAGATGAGAGATAATAAAAAGAAAGCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

109 aa · LXL04_009238|LXL04_009238|OH1004|PROTEIN

MGFLKICPDPAIFPPLTAADTVITTDQVPHFPSKTAVSIVEEELGVPVNKVFDFFDFEPIAAASLENRIMEEAEERRKMRDNKKKAKKIQAVKQRKRVKQKKDEIVAES

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009238`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009238

位置 Chr02:121176241-121177401 (+)

描述 Similar to ABC1K8: Protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 8, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g64940`	可能参与氧化胁迫、强光及重金属胁迫响应。	Loss of the Atypical Kinases ABC1K7 and ABC1K8 Changes the Lipid Composition of the Chloroplast Membrane.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv046
`At1g71810`	未表征的含 aarF 结构域的蛋白激酶 At1g71810，叶绿体的。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009238 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006744 ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010795 regulation of ubiquinone biosynthetic process 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0046467 membrane lipid biosynthetic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:1901031 regulation of response to reactive oxygen species 生物过程

GO:1990641 response to iron ion starvation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71810

ath:AT5G64940

pmy:Pmen_0521

ppf:Pput_4887

syn:sll0005

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.575

排名 1 · LXL04_009238 · OH-1004

细胞质0.394

排名 2 · LXL04_009238 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 3 · LXL04_009238 · OH-1004

线粒体0.049

排名 4 · LXL04_009238 · OH-1004

内质网0.036

排名 5 · LXL04_009238 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03109.23ABC125-65 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009238	`PF03109.23`	ABC1	25	65	5.6e-08	33.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Y08`	拟南芥	Protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 8, chloroplastic	75.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94BU1`	拟南芥	Uncharacterized aarF domain-containing protein kinase At1g71810, chloroplastic	32.099%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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