LXL04_009127 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009127

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 118395263-118398574 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3240 bp · LXL04_009127|LXL04_009127|OH1004|cDNA

ATGAAGATGAAGGTTGATTTGATTTACTTATCAATGGTAGCTTGTTTCCTTCCTCCTCCATTCTATTCTGTATCTGGTTTAAACTCCGATGGCGAAACGTTACTTTCACTCTCAACTCACTGGATTTCTATACCCCCATCGCTCATATCAGCCTGGAATGCTTCTGATCCTaacccttgttcgtgggttgGTGTTGTTTGTGACCCTAACAATCTCGTAATCTCACTGGACTTAGCAAATTCCCAAATTTCCGGTGAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

3240 bp · LXL04_009127|LXL04_009127|OH1004|CDS

ATGAAGATGAAGGTTGATTTGATTTACTTATCAATGGTAGCTTGTTTCCTTCCTCCTCCATTCTATTCTGTATCTGGTTTAAACTCCGATGGCGAAACGTTACTTTCACTCTCAACTCACTGGATTTCTATACCCCCATCGCTCATATCAGCCTGGAATGCTTCTGATCCTAACCCTTGTTCGTGGGTTGGTGTTGTTTGTGACCCTAACAATCTCGTAATCTCACTGGACTTAGCAAATTCCCAAATTTCCGGTGAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1079 aa · LXL04_009127|LXL04_009127|OH1004|PROTEIN

MKMKVDLIYLSMVACFLPPPFYSVSGLNSDGETLLSLSTHWISIPPSLISAWNASDPNPCSWVGVVCDPNNLVISLDLANSQISGELGPEISRLTQLQFLNLSSNLLSGQIPSQIANCSRLQQLDLSLNVLTGKIPDTFGTLRLKWLSLFNNSLNGSIPESVFHISSLETLLLSFNQLTGLIPSNLGNATMLQQLCLDNNHFTGSLPDSLDNLANLGYLDVHSAGLKGGIPLGFNGCKNLSYLDLSFNTFTRLPPELGNC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009127`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009127

位置 Chr02:118395263-118398574 (+)

描述 Similar to INRPK1: Receptor-like protein kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73080`	充当 PEP 防御肽的受体。	The cell surface leucine-rich repeat receptor for AtPep1, an endogenous peptide elicitor in Arabidopsis, is functional in transgenic tobacco cells.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0603729103 BIK1 interacts with PEPRs to mediate ethylene-induced immunity.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1215543110
`At1g17750`	充当 PEP 防御肽的受体。	暂无已核实直接文献
`At5g63930`	可能是富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At5g63930。	暂无已核实直接文献
`At1g17230`	富含亮氨酸重复序列的受体样丝/苏氨酸蛋白激酶 At1g17230。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009127 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17230

ath:AT1G17750

ath:AT1G73080

ath:AT5G63930

ini:109187519

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.861

排名 1 · LXL04_009127 · OH-1004

内质网0.089

排名 2 · LXL04_009127 · OH-1004

细胞质0.064

排名 3 · LXL04_009127 · OH-1004

细胞核0.038

排名 4 · LXL04_009127 · OH-1004

溶酶体／液泡0.032

排名 5 · LXL04_009127 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_227-68 aa

PF23598.2LRR_1490-224 aa

PF13855.13LRR_896-154 aa

PF13855.13LRR_8167-222 aa

PF23598.2LRR_14239-337 aa

PF13855.13LRR_8475-534 aa

PF23598.2LRR_14585-675 aa

PF13855.13LRR_8591-631 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009127	`PF08263.18`	LRRNT_2	27	68	2.9e-09	37.8
LXL04_009127	`PF23598.2`	LRR_14	90	224	2e-32	113.1
LXL04_009127	`PF13855.13`	LRR_8	96	154	4.9e-34	116.6
LXL04_009127	`PF13855.13`	LRR_8	167	222	4.9e-34	116.6
LXL04_009127	`PF23598.2`	LRR_14	239	337	2e-32	113.1
LXL04_009127	`PF13855.13`	LRR_8	475	534	4.9e-34	116.6
LXL04_009127	`PF23598.2`	LRR_14	585	675	2e-32	113.1
LXL04_009127	`PF13855.13`	LRR_8	591	631	4.9e-34	116.6
LXL04_009127	`PF00069.32`	Pkinase	794	1065	7e-42	144.3
LXL04_009127	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	796	1067	8.6e-38	130.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSL9`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PEPR1	48.128%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FZ59`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PEPR2	48.739%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVP0`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g63930	38.583%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHI2`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g17230	36.505%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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