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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008598
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 103790308-103791667 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

606 bp · LXL04_008598|LXL04_008598|OH1004|cDNA

atgccttccgccaaggatcggggtgtgacaaAAACCACTTGGATTCGTTTCAGAGGGGTCGAGAGCTACTGGCGTGGTGTCTCTCAGAAGCGCAGACCTCGTGCAGGCCTTGATCGATGCAGTAAGTTTTTAATTCAGATCGATCATAGTAGAGCTAGCATGATCGGAAGCAGTGCTACAACGGAAGTCATTCTCGATAGCGGCATAAACAATGTCCTCCAACTTATGCAAGCGGAGATTCAGCTCATTTCACCTTCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

606 bp · LXL04_008598|LXL04_008598|OH1004|CDS

ATGCCTTCCGCCAAGGATCGGGGTGTGACAAAAACCACTTGGATTCGTTTCAGAGGGGTCGAGAGCTACTGGCGTGGTGTCTCTCAGAAGCGCAGACCTCGTGCAGGCCTTGATCGATGCAGTAAGTTTTTAATTCAGATCGATCATAGTAGAGCTAGCATGATCGGAAGCAGTGCTACAACGGAAGTCATTCTCGATAGCGGCATAAACAATGTCCTCCAACTTATGCAAGCGGAGATTCAGCTCATTTCACCTTCAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

201 aa · LXL04_008598|LXL04_008598|OH1004|PROTEIN

MPSAKDRGVTKTTWIRFRGVESYWRGVSQKRRPRAGLDRCSKFLIQIDHSRASMIGSSATTEVILDSGINNVLQLMQAEIQLISPSVPARGMKFFQFSSQQAEGVWAMVDLSFDVNDNGSMCRRLPSGCILYQLFFIAFQVFDKMPRRTMIKCVFAETCERVMLPRMTNLDYKRKRRVISLGMCSLTTFPCFTIVSNSSCI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008598
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008598
位置Chr02:103790308-103791667 (+)
描述Similar to HDG1: Homeobox-leucine zipper protein HDG1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61150 可能的转录因子（通过同源推测）。
CFL1, a WW domain protein, regulates cuticle development by modulating the function of HDG1, a class IV homeodomain transcription factor, in rice and Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.088625
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
At4g00730 可能的转录因子参与花青素的组织特异性积累的调节和初生根的细胞组织。
ANTHOCYANINLESS2, a homeobox gene affecting anthocyanin distribution and root development in Arabidopsis.1999 · DOI: 10.1105/tpc.11.7.1217
At1g05230 可能的转录因子（通过同源推测）。
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0569100 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
Os02g0674800 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008598 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程
GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程
GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0043481 anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light 生物过程
GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程
GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程
GO:0052541 plant-type cell wall cellulose metabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05230
ath:AT3G61150
ath:AT4G00730
dosa:Os02g0674800
dosa:Os04g0569100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.388
排名 1 · LXL04_008598 · OH-1004
细胞质0.346
排名 2 · LXL04_008598 · OH-1004
线粒体0.144
排名 3 · LXL04_008598 · OH-1004
细胞膜0.144
排名 4 · LXL04_008598 · OH-1004
内质网0.076
排名 5 · LXL04_008598 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01852.26START60-131 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008598PF01852.26START601313.1e-0627.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M2E8拟南芥Homeobox-leucine zipper protein HDG150.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WV12拟南芥Homeobox-leucine zipper protein ANTHOCYANINLESS 247.619%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q94C37拟南芥Homeobox-leucine zipper protein HDG240.449%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q7Y0V9水稻Homeobox-leucine zipper protein ROC444.118%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6EPF0水稻Homeobox-leucine zipper protein ROC546.575%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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