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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008582
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 103179879-103184133 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2562 bp · LXL04_008582|LXL04_008582|OH1004|cDNA

ATGCTTCCCTTCGACATCAATACGAACCATTTCGAAAGTAAGTCAGCACAAAATTGGGGGGAAATCAGTCGCCTACCAAACATTACAGTTCATGTTGTAAGACTGTGGTTGAGCTGTAGAAACAAATGGTGGTTTCTGAGAATCGTTAAATGCATTGAACGTATTGGTTGTTCCTTAGGAACGATTCTTGTAGACATAATATCGTGCGATGTTGGTGGAGGAGAAGTGGGCAGAGGAGAAATGGGCGGAGGCAGAGTGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2562 bp · LXL04_008582|LXL04_008582|OH1004|CDS

ATGCTTCCCTTCGACATCAATACGAACCATTTCGAAAGTAAGTCAGCACAAAATTGGGGGGAAATCAGTCGCCTACCAAACATTACAGTTCATGTTGTAAGACTGTGGTTGAGCTGTAGAAACAAATGGTGGTTTCTGAGAATCGTTAAATGCATTGAACGTATTGGTTGTTCCTTAGGAACGATTCTTGTAGACATAATATCGTGCGATGTTGGTGGAGGAGAAGTGGGCAGAGGAGAAATGGGCGGAGGCAGAGTGGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

853 aa · LXL04_008582|LXL04_008582|OH1004|PROTEIN

MLPFDINTNHFESKSAQNWGEISRLPNITVHVVRLWLSCRNKWWFLRIVKCIERIGCSLGTILVDIISCDVGGGEVGRGEMGGGRVVLMRLGLRRSGAEIIGRAVDRRRPVKASSTPPHFLSHAQTHTTTSLSTTQPSKRVRGLTPCSFISLGVSHLQTGELRASSNSFWVLGNWKNLNMKRTKLDWFMSLRQKRSIQFLIGLGFLYLLIVGLEVPFVSKIVRQEDESSVFFFSDKLSKKPYALDSEEELQEKEAPIRPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008582
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008582
位置Chr02:103179879-103184133 (-)
描述Similar to GALT6: Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g62620 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At1g74800 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
Two Hydroxyproline Galactosyltransferases, GALT5 and GALT2, Function in Arabinogalactan-Protein Glycosylation, Growth and Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0125624
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At1g27120 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At4g21060 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
Functional identification of a hydroxyproline-o-galactosyltransferase specific for arabinogalactan protein biosynthesis in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.432609
Two Hydroxyproline Galactosyltransferases, GALT5 and GALT2, Function in Arabinogalactan-Protein Glycosylation, Growth and Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0125624
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At1g26810 Beta-1,3-半乳糖基转移酶，可将半乳糖从 UDP-半乳糖转移至带有末端 β-N-乙酰葡糖胺 残基的底物。
A unique beta1,3-galactosyltransferase is indispensable for the biosynthesis of N-glycans containing Lewis a structures in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052985

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008582 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006493 protein O-linked glycosylation 生物过程
GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程
GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程
GO:0010405 arabinogalactan protein metabolic process 生物过程
GO:0010493 Lewis a epitope biosynthetic process 生物过程
GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程
GO:0080147 root hair cell development 生物过程
GO:0180062 protein O-linked glycosylation via galactose 生物过程
GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G26810
ath:AT1G27120
ath:AT1G74800
ath:AT4G21060
ath:AT5G62620
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.763
排名 1 · LXL04_008582 · OH-1004
内质网0.087
排名 2 · LXL04_008582 · OH-1004
细胞膜0.071
排名 3 · LXL04_008582 · OH-1004
细胞质0.065
排名 4 · LXL04_008582 · OH-1004
细胞外0.056
排名 5 · LXL04_008582 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00337.30Gal-bind_lectin368-571 aa
PF01762.28Galactosyl_T620-800 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008582PF00337.30Gal-bind_lectin3685715.2e-2897.8
LXL04_008582PF01762.28Galactosyl_T6208008.5e-31108.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LV16拟南芥Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT665.588%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8RX55拟南芥Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT563.796%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8GXG6拟南芥Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT468.430%Swiss-Prot中等数据库同源证据
A7XDQ9拟南芥Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT257.762%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8L7F9拟南芥Beta-1,3-galactosyltransferase GALT135.986%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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