LXL04_008567 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008567

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 102881705-102884595 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1806 bp · LXL04_008567|LXL04_008567|OH1004|cDNA

ATGACAACTGCAACCACTGCACTGACTTCCACAACTACATCGGGACTCGGCGGTGGTAAACTTTGCTCCCAGAAGAGAATTGCCAATGATTTCGCCCTCAATACGGCGGTGAGCAGCTCTAATGGCTTCAATTGCTGGAGTGCTGCTACGAATCATCCTCGCAGACGCTTGGTGTTTACAAGGGCTTCTTCTTCGTCCCCTCCTCCGGAAACCGGCAACGATAAGCAGAAACAGGATCAGAGTGATGATGAGAGTGGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1806 bp · LXL04_008567|LXL04_008567|OH1004|CDS

ATGACAACTGCAACCACTGCACTGACTTCCACAACTACATCGGGACTCGGCGGTGGTAAACTTTGCTCCCAGAAGAGAATTGCCAATGATTTCGCCCTCAATACGGCGGTGAGCAGCTCTAATGGCTTCAATTGCTGGAGTGCTGCTACGAATCATCCTCGCAGACGCTTGGTGTTTACAAGGGCTTCTTCTTCGTCCCCTCCTCCGGAAACCGGCAACGATAAGCAGAAACAGGATCAGAGTGATGATGAGAGTGGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

601 aa · LXL04_008567|LXL04_008567|OH1004|PROTEIN

MTTATTALTSTTTSGLGGGKLCSQKRIANDFALNTAVSSSNGFNCWSAATNHPRRRLVFTRASSSSPPPETGNDKQKQDQSDDESGIDDDVEGNQKASSVSVMKRLVDANPVGLGRRSRQIFDEAWRKFSELGQISRTTRTNDESSLLIQEGGPMCEFAIPEAQNTTVLVVGATSRVGRIVVRKLMLRGYSVKALVRKADQEVVDMLPTSVKIVIGDVGDPATLRLAVEGCSKIIYCATARSSITVDLNRVDYQGVYNLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008567`
TK1151 ID	TkA03G358440
OH-1004 ID	LXL04_008567
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.043 / OH-1004 68.885 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008567

位置 Chr02:102881705-102884595 (-)

描述 Similar to HCF173: Protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16720`	与HCF244共同参与光系统Ⅱ（PSII）生物发生的辅助因子，尤其通过调控相应mRNA（如psbA）的翻译起始（核糖体装载）及其稳定性，支持反应中心蛋白（如D1）的合成。	The nuclear-encoded factor HCF173 is involved in the initiation of translation of the psbA mRNA in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.042895 The Arabidopsis pentatricopeptide repeat protein LPE1 and its maize ortholog are required for translation of the chloroplast psbJ RNA.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14308
`At5g02240`	未经表征的蛋白质 At5g02240。	暂无已核实直接文献
`At2g37660`	未表征蛋白 At2g37660，叶绿体的。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程

GO:0015979 photosynthesis 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009523 photosystem II 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16720

ath:AT2G37660

ath:AT5G02240

syn:slr0399

zma:100281890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.974

排名 1 · LXL04_008567 · OH-1004

线粒体0.034

排名 2 · LXL04_008567 · OH-1004

细胞核0.022

排名 3 · LXL04_008567 · OH-1004

细胞质0.020

排名 4 · LXL04_008567 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 5 · LXL04_008567 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA165-241 aa

PF13460.13NAD_binding_10172-262 aa

PF08547.19CIA30315-417 aa

PF13460.13NAD_binding_10468-553 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008567	`PF05368.20`	NmrA	165	241	5.6e-09	36.7
LXL04_008567	`PF13460.13`	NAD_binding_10	172	262	1.3e-25	91.1
LXL04_008567	`PF08547.19`	CIA30	315	417	4.9e-09	37.1
LXL04_008567	`PF13460.13`	NAD_binding_10	468	553	1.3e-25	91.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4D6`	拟南芥	Protein HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE PHENOTYPE 173, chloroplastic	81.400%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94EG6`	拟南芥	Uncharacterized protein At5g02240	34.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O80934`	拟南芥	Uncharacterized protein At2g37660, chloroplastic	33.010%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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