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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008532
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 101989746-101992277 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2532 bp · LXL04_008532|LXL04_008532|OH1004|cDNA

ATGTCCAAAACCAGTAATTTCTTAATTTCATCACGGCGCTGTAAACTTTCCATAAAAAGGAAGCATGAAATATCCGTAATCAGCACTGATTCCATCGACACCAGAGACCCCAATTCCGTCATATGCGACCTTTGTCTTCGTGGGAACTTGGAACAAGCTCTAATACAGCTAAACGCAATGAAAAAATTCCGACTATCGGTCGAAGAAGAAACTTACATCTTAGTAATCGACCTGTGCGAGCGGAAACGAGCAGAGCGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2532 bp · LXL04_008532|LXL04_008532|OH1004|CDS

ATGTCCAAAACCAGTAATTTCTTAATTTCATCACGGCGCTGTAAACTTTCCATAAAAAGGAAGCATGAAATATCCGTAATCAGCACTGATTCCATCGACACCAGAGACCCCAATTCCGTCATATGCGACCTTTGTCTTCGTGGGAACTTGGAACAAGCTCTAATACAGCTAAACGCAATGAAAAAATTCCGACTATCGGTCGAAGAAGAAACTTACATCTTAGTAATCGACCTGTGCGAGCGGAAACGAGCAGAGCGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

843 aa · LXL04_008532|LXL04_008532|OH1004|PROTEIN

MSKTSNFLISSRRCKLSIKRKHEISVISTDSIDTRDPNSVICDLCLRGNLEQALIQLNAMKKFRLSVEEETYILVIDLCERKRAEREGRQVYLLIKNSTAHLSIRLGNSLLSMFVRLGNLVEAWYVFGKMSERNIFSWNVLIGGYAKAGYFDEALNLYHRMLWAGLQPDVYTFPSILRTCGAVPDLVRGREVHVHVLRFGFQSDTDVNNSLITMYVKCGDVYSARIVFDKMPVKDTISWNAMISGYFENYKCLEGLNLFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008532
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008532
位置Chr02:101989746-101992277 (-)
描述Similar to PCMP-H73: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15510
ath:AT4G18750
ath:AT4G33990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.586
排名 1 · LXL04_008532 · OH-1004
质体0.278
排名 2 · LXL04_008532 · OH-1004
细胞核0.048
排名 3 · LXL04_008532 · OH-1004
细胞质0.033
排名 4 · LXL04_008532 · OH-1004
细胞膜0.007
排名 5 · LXL04_008532 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2133-180 aa
PF12854.14PPR_1133-161 aa
PF01535.27PPR136-165 aa
PF13041.13PPR_2234-281 aa
PF01535.27PPR237-264 aa
PF13041.13PPR_2335-383 aa
PF13812.13PPR_3336-382 aa
PF01535.27PPR338-368 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008532PF13041.13PPR_21331802.8e-80265.0
LXL04_008532PF12854.14PPR_11331612.3e-2898.3
LXL04_008532PF01535.27PPR1361652.6e-67219.2
LXL04_008532PF13041.13PPR_22342812.8e-80265.0
LXL04_008532PF01535.27PPR2372642.6e-67219.2
LXL04_008532PF13041.13PPR_23353832.8e-80265.0
LXL04_008532PF13812.13PPR_33363822.8e-30104.9
LXL04_008532PF01535.27PPR3383682.6e-67219.2
LXL04_008532PF13041.13PPR_25385852.8e-80265.0
LXL04_008532PF13812.13PPR_35385842.8e-30104.9
LXL04_008532PF01535.27PPR5415692.6e-67219.2
LXL04_008532PF29070.1MSC6_N5446357.9e-1452.3
LXL04_008532PF20431.5E_motif6587191.8e-1351.2
LXL04_008532PF14432.13DYW_deaminase7578355.9e-29100.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M9E2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic60.025%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic36.087%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O81767拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399039.084%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic35.065%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SS60拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358035.916%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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