LXL04_008488 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008488

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 101024433-101026475 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1929 bp · LXL04_008488|LXL04_008488|OH1004|cDNA

ATGGGAAAGACGACGAACATGTCAATTGGTTTGCGACGGTCGATCTCCACTATTCCTTTTCTCTCCGACAGAATCAAGCAAACAGAAAGTGAAATTGTTCAAATGTTCCAGTTGTCGCGTCCAAGAGAAGATACAAGGAATCTACCCATCAATCAAAGAACATCAAGAAAGACCTCTGCACGGATGCTGGACGAGAGATTTATCAGGATTTTGAAGATATTCAAGTGGGGTCCTGATGCAGAAAAGGCTTTAGAAGTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1929 bp · LXL04_008488|LXL04_008488|OH1004|CDS

ATGGGAAAGACGACGAACATGTCAATTGGTTTGCGACGGTCGATCTCCACTATTCCTTTTCTCTCCGACAGAATCAAGCAAACAGAAAGTGAAATTGTTCAAATGTTCCAGTTGTCGCGTCCAAGAGAAGATACAAGGAATCTACCCATCAATCAAAGAACATCAAGAAAGACCTCTGCACGGATGCTGGACGAGAGATTTATCAGGATTTTGAAGATATTCAAGTGGGGTCCTGATGCAGAAAAGGCTTTAGAAGTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

642 aa · LXL04_008488|LXL04_008488|OH1004|PROTEIN

MGKTTNMSIGLRRSISTIPFLSDRIKQTESEIVQMFQLSRPREDTRNLPINQRTSRKTSARMLDERFIRILKIFKWGPDAEKALEVLKLRVDHRLVREVLNIDVHVNVKIQFFKWAGKRRHFEHDSTTYMALISCLSDSEMFGEMWKTIQEMVRHSVIIDPKDLSDIVRLLGKAKMVNKALSLFYQVKGRKCNPTSSTYNSIILMLMQENHPDKVYDLYSEMCNEGNCFPDTITYSALMSAFAKLGQDNTAIRLFDEMKE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008488`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008488

位置 Chr02:101024433-101026475 (+)

描述 Similar to At3g16010: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16010

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16010`	含五重复肽的蛋白 At3g16010。	暂无已核实直接文献
`At3g06920`	含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。	暂无已核实直接文献
`At1g63080`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63080。	暂无已核实直接文献
`At1g62670`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008488 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0032981 mitochondrial respiratory chain complex I assembly 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06920

ath:AT3G16010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.651

排名 1 · LXL04_008488 · OH-1004

质体0.222

排名 2 · LXL04_008488 · OH-1004

细胞核0.072

排名 3 · LXL04_008488 · OH-1004

细胞质0.028

排名 4 · LXL04_008488 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_008488 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2169-203 aa

PF29070.1MSC6_N174-319 aa

PF13041.13PPR_2194-244 aa

PF13812.13PPR_3224-267 aa

PF12854.14PPR_1227-259 aa

PF13041.13PPR_2230-267 aa

PF01535.27PPR233-263 aa

PF23276.3TPR_24233-327 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008488	`PF13041.13`	PPR_2	169	203	3.8e-114	373.4
LXL04_008488	`PF29070.1`	MSC6_N	174	319	4.7e-37	128.7
LXL04_008488	`PF13041.13`	PPR_2	194	244	3.8e-114	373.4
LXL04_008488	`PF13812.13`	PPR_3	224	267	5e-65	216.2
LXL04_008488	`PF12854.14`	PPR_1	227	259	9.4e-85	278.7
LXL04_008488	`PF13041.13`	PPR_2	230	267	3.8e-114	373.4
LXL04_008488	`PF01535.27`	PPR	233	263	1.2e-83	270.4
LXL04_008488	`PF23276.3`	TPR_24	233	327	3.5e-31	108.6
LXL04_008488	`PF17177.11`	PPR_long	250	336	1.5e-29	103.6
LXL04_008488	`PF13812.13`	PPR_3	254	313	5e-65	216.2
LXL04_008488	`PF12854.14`	PPR_1	261	294	9.4e-85	278.7
LXL04_008488	`PF13041.13`	PPR_2	265	314	3.8e-114	373.4
LXL04_008488	`PF01535.27`	PPR	269	298	1.2e-83	270.4
LXL04_008488	`PF23276.3`	TPR_24	270	362	3.5e-31	108.6
LXL04_008488	`PF12854.14`	PPR_1	296	328	9.4e-85	278.7
LXL04_008488	`PF01535.27`	PPR	303	333	1.2e-83	270.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LW84`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16010	68.160%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M907`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920	27.116%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial	29.297%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXD1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial	29.102%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	28.516%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情