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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008409
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 98813583-98821887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4503 bp · LXL04_008409|LXL04_008409|OH1004|cDNA

ATGGAAGAAGCGAGAGCCAGGGGTTCAGTAAGGCGAAGTGCCAGCCGGACGATGAGCAGGAACCGGAGTACGGCGAGGTGGGGTATGGAAGACGTTTTCGCCGCCGGCAGCGGTGGCAGCTACAACCGGCGGTCTAGTCGGCACTCGGAGGAAGACGAAGAAGCGCTCCGGTGGGCTGCTTTGGAAAAACTACCGACTTACGACCGATTAAGAACCACCATCATGAAGTCTTATACAAACGACGACGAAAACCAGCGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

4503 bp · LXL04_008409|LXL04_008409|OH1004|CDS

ATGGAAGAAGCGAGAGCCAGGGGTTCAGTAAGGCGAAGTGCCAGCCGGACGATGAGCAGGAACCGGAGTACGGCGAGGTGGGGTATGGAAGACGTTTTCGCCGCCGGCAGCGGTGGCAGCTACAACCGGCGGTCTAGTCGGCACTCGGAGGAAGACGAAGAAGCGCTCCGGTGGGCTGCTTTGGAAAAACTACCGACTTACGACCGATTAAGAACCACCATCATGAAGTCTTATACAAACGACGACGAAAACCAGCGGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1500 aa · LXL04_008409|LXL04_008409|OH1004|PROTEIN

MEEARARGSVRRSASRTMSRNRSTARWGMEDVFAAGSGGSYNRRSSRHSEEDEEALRWAALEKLPTYDRLRTTIMKSYTNDDENQRQRASVLHKEIDVRKLDPNERQEFIDRIFKVAEEDNEKFLRKFRNRIDKVGITLPTVEVRFEHLTIEADCHIGDRALPSLANAARNLIEYGLGCVGIGLAEKTKLTILKDASGIIKPSRMALLLGPPSSGKTTLLLALAGKLDPSLKVKGEITYNGHKLTEFVPRKTSAYISQND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008409
TK1151 IDTkA03G376140
OH-1004 IDLXL04_008409
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008409
位置Chr02:98813583-98821887 (-)
描述Similar to ABCG36: ABC transporter G family member 36
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g59870 与 ABCG37 一起，通过在香豆素（如莨菪苷）和生长素前体吲哚-3-丁酸（IBA）外排运输中发挥双重作用，调节生长素稳态及响应，从而影响子叶、根和根毛的发育。
Loss of AtPDR8, a plasma membrane ABC transporter of Arabidopsis thaliana, causes hypersensitive cell death upon pathogen infection.2006 · DOI: 10.1093/pcp/pcj001
Arabidopsis PEN3/PDR8, an ATP binding cassette transporter, contributes to nonhost resistance to inappropriate pathogens that enter by direct penetration.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.038372
The ABC transporter AtPDR8 is a cadmium extrusion pump conferring heavy metal resistance.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03044.x
Extracellular transport and integration of plant secretory proteins into pathogen-induced cell wall compartments.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03743.x
Glucosinolate metabolites required for an Arabidopsis innate immune response.2009 · DOI: 10.1126/science.1164627
The Arabidopsis PLEIOTROPIC DRUG RESISTANCE8/ABCG36 ATP binding cassette transporter modulates sensitivity to the auxin precursor indole-3-butyric acid.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.065821
Overexpression of AtABCG36 improves drought and salt stress resistance in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1399-3054.2010.01353.x
Arabidopsis PIS1 encodes the ABCG37 transporter of auxinic compounds including the auxin precursor indole-3-butyric acid.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1005878107
Induction and suppression of PEN3 focal accumulation during Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 infection of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1094/mpmi-11-12-0262-r
Role of the penetration-resistance genes PEN1, PEN2 and PEN3 in the hypersensitive response and race-specific resistance in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12571
Mutant Allele-Specific Uncoupling of PENETRATION3 Functions Reveals Engagement of the ATP-Binding Cassette Transporter in Distinct Tryptophan Metabolic Pathways.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00182
ABC transporter PEN3/PDR8/ABCG36 interacts with calmodulin that, like PEN3, is required for Arabidopsis nonhost resistance.2016 · DOI: 10.1111/nph.13582
An Arabidopsis Lipid Flippase Is Required for Timely Recruitment of Defenses to the Host-Pathogen Interface at the Plant Cell Surface.2017 · DOI: 10.1016/j.molp.2017.04.003
Arabidopsis Transporter ABCG37/PDR9 contributes primarily highly oxygenated Coumarins to Root Exudation.2017 · DOI: 10.1038/s41598-017-03250-6
Expression analysis of transporter genes for screening candidate monolignol transporters using Arabidopsis thaliana cell suspensions during tracheary element differentiation.2018 · DOI: 10.1007/s10265-017-0979-4
Arabidopsis BTB/POZ protein-dependent PENETRATION3 trafficking and disease susceptibility.2017 · DOI: 10.1038/s41477-017-0039-z
At1g15210 可能是一种一般防御蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g16340 可能是一种一般防御蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0554800 可能是一种一般防御蛋白。 暂无已核实直接文献
Os01g0724500 可能是一种一般防御蛋白。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008409 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程
GO:0002239 response to oomycetes 生物过程
GO:0002240 response to molecule of oomycetes origin 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009617 response to bacterium 生物过程
GO:0009620 response to fungus 生物过程
GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程
GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15210
ath:AT1G59870
ath:AT3G16340
dosa:Os01g0724500
dosa:Os06g0554800
osa:4324722
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.764
排名 1 · LXL04_008409 · OH-1004
内质网0.128
排名 2 · LXL04_008409 · OH-1004
细胞质0.106
排名 3 · LXL04_008409 · OH-1004
溶酶体／液泡0.061
排名 4 · LXL04_008409 · OH-1004
高尔基体0.050
排名 5 · LXL04_008409 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14510.12ABC_trans_N117-168 aa
PF00005.34ABC_tran193-374 aa
PF19055.7ABC2_membrane_7408-459 aa
PF01061.30ABC2_membrane530-740 aa
PF08370.17PDR_assoc746-810 aa
PF00005.34ABC_tran926-1078 aa
PF19055.7ABC2_membrane_71107-1168 aa
PF01061.30ABC2_membrane1224-1436 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008409PF14510.12ABC_trans_N1171681.7e-0835.4
LXL04_008409PF00005.34ABC_tran1933743.7e-38131.9
LXL04_008409PF19055.7ABC2_membrane_74084597.9e-1658.6
LXL04_008409PF01061.30ABC2_membrane5307406e-112373.0
LXL04_008409PF08370.17PDR_assoc7468102.9e-2588.5
LXL04_008409PF00005.34ABC_tran92610783.7e-38131.9
LXL04_008409PF19055.7ABC2_membrane_7110711687.9e-1658.6
LXL04_008409PF01061.30ABC2_membrane122414366e-112373.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XIE2拟南芥ABC transporter G family member 3672.301%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q7PC86拟南芥ABC transporter G family member 3570.828%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94A18拟南芥ABC transporter G family member 2970.303%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q5Z9S8水稻ABC transporter G family member 4270.577%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q7FMW4水稻ABC transporter G family member 3867.005%Swiss-Prot强数据库同源证据

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