LXL04_008372 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008372

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 97511672-97514513 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1899 bp · LXL04_008372|LXL04_008372|OH1004|cDNA

ATGGCGTCGTACCGACCATTCCCTCCACCGCCACCCCAATCAAAATTTGGTCCTCCGCCACCCAATCAGACTTCCCTCCCACCTCCCCAACTCGCCCCTGTTCCCCAACCGAGAGGAAATATGTTCTCACAGAATTGGAGCTATCCTAATTCGAATTTTCAACAGAGTGTTTATCCCGCTCCACCAAGACCACCTGTTCCAAATCCGCAACAACAGTATTCATCATatccacctccaccaccaccgccgctgGAGTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1899 bp · LXL04_008372|LXL04_008372|OH1004|CDS

ATGGCGTCGTACCGACCATTCCCTCCACCGCCACCCCAATCAAAATTTGGTCCTCCGCCACCCAATCAGACTTCCCTCCCACCTCCCCAACTCGCCCCTGTTCCCCAACCGAGAGGAAATATGTTCTCACAGAATTGGAGCTATCCTAATTCGAATTTTCAACAGAGTGTTTATCCCGCTCCACCAAGACCACCTGTTCCAAATCCGCAACAACAGTATTCATCATATCCACCTCCACCACCACCGCCGCTGGAGTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

632 aa · LXL04_008372|LXL04_008372|OH1004|PROTEIN

MASYRPFPPPPPQSKFGPPPPNQTSLPPPQLAPVPQPRGNMFSQNWSYPNSNFQQSVYPAPPRPPVPNPQQQYSSYPPPPPPPLESSYPPPPPPSQPPRPGQIYFPSSQNLLLNNQPPPPSSPPNSSIPPPPPPPPSHPTSPPLPPSSVSATNQTQNHKESSKRDSHHKVPSKPSFLPPIPARTSNRAETEEERRIRKKREIEEKQRHHLKESRTLSSSIKPHGSVTGSHIGERAENRLKKPTTFLCKLKFRDELPDPTA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008372`
TK1151 ID	TkA03G380270
OH-1004 ID	LXL04_008372
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008372

位置 Chr02:97511672-97514513 (+)

描述 Similar to VIP2: Protein PAF1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79730`	PAF1复合物（PAF1C）的组分，参与组蛋白修饰，如组蛋白H3第4位赖氨酸的甲基化（H3K4me3）。	PAF1-complex-mediated histone methylation of FLOWERING LOCUS C chromatin is required for the vernalization-responsive, winter-annual habit in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1101/gad.1244504 Identification of the Arabidopsis REDUCED DORMANCY 2 gene uncovers a role for the polymerase associated factor 1 complex in seed dormancy.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0022241

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008372 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0034504 protein localization to nucleus 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0071222 cellular response to lipopolysaccharide 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79730

hsa:54623

mmu:54624

pon:100172552

rno:361531

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.975

排名 1 · LXL04_008372 · OH-1004

细胞质0.132

排名 2 · LXL04_008372 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 3 · LXL04_008372 · OH-1004

线粒体0.009

排名 4 · LXL04_008372 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_008372 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03985.19Paf1245-618 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008372	`PF03985.19`	Paf1	245	618	5.1e-55	187.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HQA1`	拟南芥	Protein PAF1 homolog	62.955%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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