LXL04_008299 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008299

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 96072201-96076828 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1464 bp · LXL04_008299|LXL04_008299|OH1004|cDNA

ATGAAGGAAAGAGGCGGGAAAGGAGGAGGCCAGTCGTCGGTGAACGAGCGATACTCACAGTGGAAGACTCTCGTCCCCATTCTCTACGACTGGCTCGCCAACCACAACCTCGTTTGGCCCTCTCTTTCATGCCGATGGGGGCCACTACTTGAACAAGCTACTTACAAGAATCGCCAGCGCCTCTACCTCTCAGAACAGACTGATGGTAGTGTTCCAAACACACTTGTGATTGCAAATTGTGAAATTGTTAAACCAAGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1464 bp · LXL04_008299|LXL04_008299|OH1004|CDS

ATGAAGGAAAGAGGCGGGAAAGGAGGAGGCCAGTCGTCGGTGAACGAGCGATACTCACAGTGGAAGACTCTCGTCCCCATTCTCTACGACTGGCTCGCCAACCACAACCTCGTTTGGCCCTCTCTTTCATGCCGATGGGGGCCACTACTTGAACAAGCTACTTACAAGAATCGCCAGCGCCTCTACCTCTCAGAACAGACTGATGGTAGTGTTCCAAACACACTTGTGATTGCAAATTGTGAAATTGTTAAACCAAGAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

487 aa · LXL04_008299|LXL04_008299|OH1004|PROTEIN

MKERGGKGGGQSSVNERYSQWKTLVPILYDWLANHNLVWPSLSCRWGPLLEQATYKNRQRLYLSEQTDGSVPNTLVIANCEIVKPRVAAAEHIAQFNEEARSPFVKKFKTIIHPGEVNRIRELPQNSKIVATHTDSPDVLIWDVEAQPNRHAVLGATESRPDLILTGHQENAEFALAMCQSEPFVLSGGKDKSVVLWSIHDHISSLATESPGSNGPKTEDKVTESPKIQARGIYQGHSDTVEDVQFCPSSAQEFCSVGDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008299`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008299

位置 Chr02:96072201-96076828 (+)

描述 Similar to MSI4: WD-40 repeat-containing protein MSI4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19520`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	Regulation of flowering time by FVE, a retinoblastoma-associated protein.2004 · DOI: 10.1038/ng1295 A genetic link between cold responses and flowering time through FVE in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1038/ng1298
`At4g29730`	核心组蛋白结合亚基，可能以由核小体 DNA 调控的方式，将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白去乙酰化酶靶向其组蛋白底物（通过相似性）。	Arabidopsis PWWP domain proteins mediate H3K27 trimethylation on FLC and regulate flowering time.2018 · DOI: 10.1111/jipb.12630
`At2g16780`	核心组蛋白结合亚基，可能以核小体 DNA 调节的方式将染色质组装因子、染色质重塑因子和组蛋白脱乙酰酶靶向其组蛋白底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G16780

ath:AT2G19520

ath:AT4G29730

ddi:DDB_G0282529

mmu:19646

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.593

排名 1 · LXL04_008299 · OH-1004

细胞质0.447

排名 2 · LXL04_008299 · OH-1004

细胞膜0.054

排名 3 · LXL04_008299 · OH-1004

线粒体0.043

排名 4 · LXL04_008299 · OH-1004

溶酶体／液泡0.041

排名 5 · LXL04_008299 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12265.15CAF1C_H4-bd16-83 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1127-315 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5227-364 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd227-368 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd228-303 aa

PF25391.2WD40_Gbeta229-314 aa

PF24805.2EIF3I232-364 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3233-314 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008299	`PF12265.15`	CAF1C_H4-bd	16	83	3.9e-20	72.6
LXL04_008299	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	127	315	3.4e-15	56.6
LXL04_008299	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	227	364	5.4e-26	92.3
LXL04_008299	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	227	368	3.6e-12	46.7
LXL04_008299	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	228	303	1.6e-11	44.9
LXL04_008299	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	229	314	1.8e-08	34.5
LXL04_008299	`PF24805.2`	EIF3I	232	364	3.1e-06	27.3
LXL04_008299	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	233	314	4.5e-25	88.9
LXL04_008299	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	233	363	7.5e-09	35.9
LXL04_008299	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	234	294	2.8e-19	70.3
LXL04_008299	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	234	364	4e-19	69.7
LXL04_008299	`PF24796.2`	WDR55	234	363	2.3e-10	40.7
LXL04_008299	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	235	312	2e-20	74.0
LXL04_008299	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	235	311	2.1e-15	57.6
LXL04_008299	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	235	314	2.4e-11	44.1
LXL04_008299	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	235	356	9e-06	25.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22607`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI4	79.318%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SU78`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI5	72.727%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22468`	拟南芥	WD-40 repeat-containing protein MSI2	32.294%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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