LXL04_008266 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008266

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 95158406-95160302 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · LXL04_008266|LXL04_008266|OH1004|cDNA

ATGGGACATGGAGGCGGACATACTTGCTGCAACAAACAGAAGGTCAAAAGAGGGCTATGGTCACCTGAAGAAGACGAGAAACTCATCAACTACATTACTTCCCATGGCCATGGCTGCTGGAGCTCCGTTCCTAAGCTTGCtgGACTCCAAAGATGCGGCAAGAGTTGTAGATTGCGATGGATTAATTATCTAAGGCCGGATTTGAAGCGAGGAAGCTTTTCTTCCCAAGAAGCCACTCTCATAGTCGACCTTCACCGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · LXL04_008266|LXL04_008266|OH1004|CDS

ATGGGACATGGAGGCGGACATACTTGCTGCAACAAACAGAAGGTCAAAAGAGGGCTATGGTCACCTGAAGAAGACGAGAAACTCATCAACTACATTACTTCCCATGGCCATGGCTGCTGGAGCTCCGTTCCTAAGCTTGCTGGACTCCAAAGATGCGGCAAGAGTTGTAGATTGCGATGGATTAATTATCTAAGGCCGGATTTGAAGCGAGGAAGCTTTTCTTCCCAAGAAGCCACTCTCATAGTCGACCTTCACCGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · LXL04_008266|LXL04_008266|OH1004|PROTEIN

MGHGGGHTCCNKQKVKRGLWSPEEDEKLINYITSHGHGCWSSVPKLAGLQRCGKSCRLRWINYLRPDLKRGSFSSQEATLIVDLHRILGNRWAQIAKHLPGRTDNEVKNFWNSSIKKKLLAHSHLSTHPLATTFSNPKTTNIHFPLNNDHHQQYYDSLFDANPTVISPYQPHMNNNHDHTVNPPTVINLDKCFDIDPTPNLPPLPQSFIVNPSSVFDHQFPTMEFLNSYDHNILKSENYDLILGHNSDHDHQHAILPSKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008266`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008266

位置 Chr02:95158406-95160302 (+)

描述 Similar to MYB26: Transcription factor MYB26

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13890`	可能是转录因子，调控花药内壁次生细胞壁增厚，这是花药裂开所必需的。	Disruption of Arabidopsis thaliana MYB26 results in male sterility due to non-dehiscent anthers.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01745.x Efficient production of male and female sterile plants by expression of a chimeric repressor in Arabidopsis and rice.2006 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2006.00184.x Arabidopsis MYB26/MALE STERILE35 regulates secondary thickening in the endothecium and is essential for anther dehiscence.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.046391
`At5g26660`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g09540`	协调下游靶基因小型网络的转录因子；这些基因参与木质部形成、木质部细胞分化、侧根形成等多个植物生长发育过程。	AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor controlling stomatal aperture in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.06.041 MUM ENHANCERS are important for seed coat mucilage production and mucilage secretory cell differentiation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/jxb/erp102 AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor, functions as a pleiotropic regulator via a small gene network.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2012.04201.x Interactions between the R2R3-MYB transcription factor, AtMYB61, and target DNA binding sites.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0065132 AaMYB1 and its orthologue AtMYB61 affect terpene metabolism and trichome development in Artemisia annua and Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13509
`At5g12870`	转录激活剂。	The MYB46 transcription factor is a direct target of SND1 and regulates secondary wall biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053678 MYB83 is a direct target of SND1 and acts redundantly with MYB46 in the regulation of secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp139 MYB46 and MYB83 bind to the SMRE sites and directly activate a suite of transcription factors and secondary wall biosynthetic genes.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcr185 Transcription factor MYB46 is an obligate component of the transcriptional regulatory complex for functional expression of secondary wall-associated cellulose synthases in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1016/j.jplph.2013.04.012 Transcription factors that directly regulate the expression of CSLA9 encoding mannan synthase in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1007/s11103-013-0154-9

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008266 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:1901348 positive regulation of secondary cell wall biogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09540

ath:AT3G13890

ath:AT5G12870

ath:AT5G26660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.958

排名 1 · LXL04_008266 · OH-1004

细胞质0.126

排名 2 · LXL04_008266 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 3 · LXL04_008266 · OH-1004

内质网0.015

排名 4 · LXL04_008266 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_008266 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding17-64 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_620-78 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding70-113 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_673-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008266	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	17	64	6.3e-35	119.8
LXL04_008266	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	20	78	4.1e-19	69.2
LXL04_008266	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	70	113	6.3e-35	119.8
LXL04_008266	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	73	118	4.1e-19	69.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SPG3`	拟南芥	Transcription factor MYB26	82.308%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LPH6`	拟南芥	Transcription factor MYB86	80.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8VZQ2`	拟南芥	Transcription factor MYB61	80.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LXV2`	拟南芥	Transcription factor MYB46	72.973%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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