LXL04_008141 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008141

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 89018176-89024140 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1509 bp · LXL04_008141|LXL04_008141|OH1004|cDNA

ATGGCTGATGAAGATCATAAAGGCGAACTTGAAGACTCTTCTGCAATGATAGCACTTGGCTCCCTCCTTAAGCTCACTGAAACGCACTTTTGGGTTGATCTTTATACCGGGATGCCATATGATTCAACTTCTATAGAGTGCACTGAAACAGCCAAGGATGAAGTCATTTTCTCAAGCAGGACAGaAAATAGTTGTATATCTGTTGACACAGAGTTGTCTAGGCAGATGAATGAACTAGGACTTCCTCTTTCCTTCTGCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1509 bp · LXL04_008141|LXL04_008141|OH1004|CDS

ATGGCTGATGAAGATCATAAAGGCGAACTTGAAGACTCTTCTGCAATGATAGCACTTGGCTCCCTCCTTAAGCTCACTGAAACGCACTTTTGGGTTGATCTTTATACCGGGATGCCATATGATTCAACTTCTATAGAGTGCACTGAAACAGCCAAGGATGAAGTCATTTTCTCAAGCAGGACAGAAAATAGTTGTATATCTGTTGACACAGAGTTGTCTAGGCAGATGAATGAACTAGGACTTCCTCTTTCCTTCTGCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

502 aa · LXL04_008141|LXL04_008141|OH1004|PROTEIN

MADEDHKGELEDSSAMIALGSLLKLTETHFWVDLYTGMPYDSTSIECTETAKDEVIFSSRTENSCISVDTELSRQMNELGLPLSFCTNKEKQNGKVRGKRKDVVKKELHSHEETRDEASVNGDEMQMEDSLEHVDGSFDENRKDGSERNDWMTYWDEFYGRNYYYNSVTHESTWEAPPHMEYLDSVYVSNELKEMSCKVMDDEIESDVCKEENLGVMQHELGNDVISGEVYNEDELDKSTSHQLHFHKIHIHMMMEICIT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008141`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_008141`
位置	Chr02:89018176-89024140 (-)
描述	Similar to TGS1: Trimethylguanosine synthase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008141` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0001510 RNA methylation 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0008033 tRNA processing 生物过程 GO:0017126 nucleologenesis 生物过程 GO:0022613 ribonucleoprotein complex biogenesis 生物过程 GO:0032210 regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0036261 7-methylguanosine cap hypermethylation 生物过程 GO:0042308 negative regulation of protein import into nucleus 生物过程 GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程 GO:0071333 cellular response to glucose stimulus 生物过程 GO:0071398 cellular response to fatty acid 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:96764 mmu:116940 rno:312947 sce:YPL157W spo:2542015 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.768

排名 1 · LXL04_008141 · OH-1004

细胞质0.264

排名 2 · LXL04_008141 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 3 · LXL04_008141 · OH-1004

内质网0.030

排名 4 · LXL04_008141 · OH-1004

线粒体0.024

排名 5 · LXL04_008141 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00397.33WW150-177 aa

PF02475.24TRM5-TYW2_MTfase340-412 aa

PF09445.17Methyltransf_15342-496 aa

PF13847.13Methyltransf_31342-412 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008141	`PF00397.33`	WW	150	177	7.8e-07	29.8
LXL04_008141	`PF02475.24`	TRM5-TYW2_MTfase	340	412	2.1e-08	35.0
LXL04_008141	`PF09445.17`	Methyltransf_15	342	496	2.6e-42	144.9
LXL04_008141	`PF13847.13`	Methyltransf_31	342	412	9.2e-06	26.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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