LXL04_008128 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008128

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 88000113-88004621 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4509 bp · LXL04_008128|LXL04_008128|OH1004|cDNA

atgcctcccaagggtatgagcccggcagcggtacaagctctggttgcggctagcgtggccgaggccttagcgaactacgatgccgcccgacgacgaaacgagggtcaaggtggaggtggtgaaggcagtggtagcggcggaggtagtggtggaagtggaaataaccctagagcctgcacttataaggactttgtaaactgcaaaccaaagtctttctccgggactggcggcgtgattgagctcacccgctggttcgaaaa...

CDS

下载 CDS FASTA

4509 bp · LXL04_008128|LXL04_008128|OH1004|CDS

ATGCCTCCCAAGGGTATGAGCCCGGCAGCGGTACAAGCTCTGGTTGCGGCTAGCGTGGCCGAGGCCTTAGCGAACTACGATGCCGCCCGACGACGAAACGAGGGTCAAGGTGGAGGTGGTGAAGGCAGTGGTAGCGGCGGAGGTAGTGGTGGAAGTGGAAATAACCCTAGAGCCTGCACTTATAAGGACTTTGTAAACTGCAAACCAAAGTCTTTCTCCGGGACTGGCGGCGTGATTGAGCTCACCCGCTGGTTCGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1502 aa · LXL04_008128|LXL04_008128|OH1004|PROTEIN

MPPKGMSPAAVQALVAASVAEALANYDAARRRNEGQGGGGEGSGSGGGSGGSGNNPRACTYKDFVNCKPKSFSGTGGVIELTRWFEKTEAVFAISSCPEDFKVKYAACTFEDGALTWWNGHVQTMGLLAANALTWEVLKEMLLREYCPRGEVQKLEQEFWNLTMKGSDIQAYTTRFTELAVLCPGMVSPEYKKVERYIWGLATNIQSHVTTASPATFESAKALAVKLTEEGIRQGAKVQKTEAPKREDNKRKTWSRNKPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008128`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_008128`
位置	Chr02:88000113-88004621 (+)
描述	Similar to TY3B-I: Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008128` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A spo:2538755 spo:2541833 spo:2541991 spo:3361422 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.617

排名 1 · LXL04_008128 · OH-1004

细胞核0.345

排名 2 · LXL04_008128 · OH-1004

线粒体0.121

排名 3 · LXL04_008128 · OH-1004

细胞膜0.061

排名 4 · LXL04_008128 · OH-1004

内质网0.040

排名 5 · LXL04_008128 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19259.5Ty3_capsid66-251 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid68-146 aa

PF08284.17RVP_2363-491 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL1395-482 aa

PF00078.33RVT_1623-782 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2846-940 aa

PF17917.8RT_RNaseH873-970 aa

PF17921.8Integrase_H2C21062-1114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008128	`PF19259.5`	Ty3_capsid	66	251	4.1e-11	43.4
LXL04_008128	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	68	146	5.1e-11	43.5
LXL04_008128	`PF08284.17`	RVP_2	363	491	2.2e-28	99.4
LXL04_008128	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	395	482	5.1e-11	43.7
LXL04_008128	`PF00078.33`	RVT_1	623	782	6.9e-40	137.8
LXL04_008128	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	846	940	5.9e-30	104.0
LXL04_008128	`PF17917.8`	RT_RNaseH	873	970	3.2e-33	114.7
LXL04_008128	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	1062	1114	1.6e-16	60.9
LXL04_008128	`PF00665.33`	rve	1139	1230	7.6e-08	33.3
LXL04_008128	`PF31073.1`	DUF8803	1354	1421	1.5e-06	28.6
LXL04_008128	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	1357	1421	1.3e-27	96.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

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