LXL04_008045 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008045

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 82039755-82042924 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2367 bp · LXL04_008045|LXL04_008045|OH1004|cDNA

ATGAGAGGCTGGTTCATTAATCGCTCGACTGGTTCCGCTTTCAAAATCATGATCATGACAGCCATCATCAAAATCCCTTTATCCTTCAAAACCCTTCCATTTTTTATTCTGTTGATTCTTCATCAATCTTTTGGACTCACCACTGATGGCATTCGTTTATTATCTTTCAAATACTCTGTTTTAAGCGATCCTTTAGGTGTTCTAGACTCATGGAGCTACACGGACGACACTCCATGTTCATGGCACGGTGTCGTCTGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2367 bp · LXL04_008045|LXL04_008045|OH1004|CDS

ATGAGAGGCTGGTTCATTAATCGCTCGACTGGTTCCGCTTTCAAAATCATGATCATGACAGCCATCATCAAAATCCCTTTATCCTTCAAAACCCTTCCATTTTTTATTCTGTTGATTCTTCATCAATCTTTTGGACTCACCACTGATGGCATTCGTTTATTATCTTTCAAATACTCTGTTTTAAGCGATCCTTTAGGTGTTCTAGACTCATGGAGCTACACGGACGACACTCCATGTTCATGGCACGGTGTCGTCTGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

788 aa · LXL04_008045|LXL04_008045|OH1004|PROTEIN

MRGWFINRSTGSAFKIMIMTAIIKIPLSFKTLPFFILLILHQSFGLTTDGIRLLSFKYSVLSDPLGVLDSWSYTDDTPCSWHGVVCENRCVTGLSLPSSSLTVTIPANLGSIPHLREVNLSNNSISGSIPLSLYNAPELETLDLSNNLMSGEFEFVGGWRSLRYLNMSGNSLTGKLPQNLAALKNLTVVSLTGNRISGDLPSGFESVEVLDLSSNSINGSLPEKFGSGELVYFNISHNNISGEIPKEFANKVPITATIDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008045`
TK1151 ID	TkA03G267890
OH-1004 ID	LXL04_008045
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008045

位置 Chr02:82039755-82042924 (+)

描述 Similar to At4g37250: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g37250

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37250`	可能的 LRR 类似受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g37250。	暂无已核实直接文献
`At4g34220`	受体蛋白激酶样蛋白At4g34220。	暂无已核实直接文献
`At2g01210`	受体蛋白激酶，在早期合子发育过程中充当细胞内钙和异三聚体 G 蛋白信号与细胞外信号的整合器。	暂无已核实直接文献
`At1g66830`	可能是失活的富含亮氨酸重复序列的受体样蛋白激酶 At1g66830。	暂无已核实直接文献
`At1g48480`	可能的非活性受体激酶 At1g48480。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程

GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程

GO:0010070 zygote asymmetric cell division 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0062207 regulation of pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48480

ath:AT1G66830

ath:AT2G01210

ath:AT4G34220

ath:AT4G37250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.872

排名 1 · LXL04_008045 · OH-1004

内质网0.075

排名 2 · LXL04_008045 · OH-1004

细胞质0.070

排名 3 · LXL04_008045 · OH-1004

细胞核0.058

排名 4 · LXL04_008045 · OH-1004

溶酶体／液泡0.021

排名 5 · LXL04_008045 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_248-86 aa

PF13855.13LRR_894-148 aa

PF12799.14LRR_4113-147 aa

PF13855.13LRR_8157-196 aa

PF12799.14LRR_4161-200 aa

PF00069.32Pkinase481-775 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr491-636 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr672-777 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008045	`PF08263.18`	LRRNT_2	48	86	2e-10	41.5
LXL04_008045	`PF13855.13`	LRR_8	94	148	1.4e-16	60.7
LXL04_008045	`PF12799.14`	LRR_4	113	147	3.7e-17	62.7
LXL04_008045	`PF13855.13`	LRR_8	157	196	1.4e-16	60.7
LXL04_008045	`PF12799.14`	LRR_4	161	200	3.7e-17	62.7
LXL04_008045	`PF00069.32`	Pkinase	481	775	1.2e-28	101.0
LXL04_008045	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	491	636	2.4e-28	99.9
LXL04_008045	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	672	777	2.4e-28	99.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGS3`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g37250	50.773%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94C77`	拟南芥	Receptor protein kinase-like protein At4g34220	45.178%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZU46`	拟南芥	Receptor protein kinase-like protein ZAR1	36.047%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C9N5`	拟南芥	Probable inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At1g66830	32.941%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LP77`	拟南芥	Probable inactive receptor kinase At1g48480	28.743%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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