LXL04_008010 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008010

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 80268070-80272372 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2580 bp · LXL04_008010|LXL04_008010|OH1004|cDNA

ATGGATCCTTCAATAATGAAGTTCCTCGAAGAAGACGAGGATGAAACAATGCATTCAGGGGCTGACGTTGAGGCATTCACTGCTGCCCTAAACAGAGATATCGAAGGGGACACCACTTCAACATCTCAGCCTCCCACTACCACAGATGCAGGCGGAGGTTTATCTCAAGGAACGAATCATACTCCAAGCCAGCTGTTTCAACAATGGCAATCTGCCAACCGTGAAGGAAACACCAATTACTCTAACGAAGAGGAAGTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2580 bp · LXL04_008010|LXL04_008010|OH1004|CDS

ATGGATCCTTCAATAATGAAGTTCCTCGAAGAAGACGAGGATGAAACAATGCATTCAGGGGCTGACGTTGAGGCATTCACTGCTGCCCTAAACAGAGATATCGAAGGGGACACCACTTCAACATCTCAGCCTCCCACTACCACAGATGCAGGCGGAGGTTTATCTCAAGGAACGAATCATACTCCAAGCCAGCTGTTTCAACAATGGCAATCTGCCAACCGTGAAGGAAACACCAATTACTCTAACGAAGAGGAAGTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

859 aa · LXL04_008010|LXL04_008010|OH1004|PROTEIN

MDPSIMKFLEEDEDETMHSGADVEAFTAALNRDIEGDTTSTSQPPTTTDAGGGLSQGTNHTPSQLFQQWQSANREGNTNYSNEEEVKPKIHEQQSSAMEVNRHGSGSEVQHPPNDTSRVPSEPTRPQDDQHKVHTSQTMNTDKTPVQEPSLSRNPENESQMQRMHRMGNNQQPMPTTGQSANALNRPSGKQVPFALLLPVIEPQLDKDRAMQLQGLYVRLRNNNINKEEFVRHMRSLVGDHMLKMAVFKLQQGQQSGKLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008010`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008010

位置 Chr02:80268070-80272372 (+)

描述 Similar to TAF4B: Transcription initiation factor TFIID subunit 4b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43130`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献
`At1g27720`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0042789 mRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051123 RNA polymerase II preinitiation complex assembly 生物过程

GO:0060261 positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27720

ath:AT5G43130

dme:Dmel_CG5444

hsa:6874

hsa:6875

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.981

排名 1 · LXL04_008010 · OH-1004

细胞质0.087

排名 2 · LXL04_008010 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 3 · LXL04_008010 · OH-1004

内质网0.009

排名 4 · LXL04_008010 · OH-1004

线粒体0.007

排名 5 · LXL04_008010 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12174.14RST186-252 aa

PF05236.21TAF4553-848 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008010	`PF12174.14`	RST	186	252	1.9e-22	79.6
LXL04_008010	`PF05236.21`	TAF4	553	848	5.4e-74	250.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K4L7`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 4b	45.659%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6SJR1`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 4	38.971%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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