LXL04_007922 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007922

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 74907497-74910987 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2187 bp · LXL04_007922|LXL04_007922|OH1004|cDNA

ATGTCAAAGGCTACTCATTGCTTTTGCCATCTTAATGTCAAGGACGCCAGTCGAACATATGAGGGACCTGGCACGTTACAGCAATTTAAGGTAGAAGAGCCGATTTCACGTTCACCAGAATCATTGGCTACAAGGGATTTCTCAGCTAGTGGTATTTCCTCTCGAACTGGTACCGGAGATTGGGATTCAAAATTCGAAGATGCTCAAGTGGATGAAGCTGAATCCACTCTTAAAGAAGCCCTTTCCCTGAACTATGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2187 bp · LXL04_007922|LXL04_007922|OH1004|CDS

ATGTCAAAGGCTACTCATTGCTTTTGCCATCTTAATGTCAAGGACGCCAGTCGAACATATGAGGGACCTGGCACGTTACAGCAATTTAAGGTAGAAGAGCCGATTTCACGTTCACCAGAATCATTGGCTACAAGGGATTTCTCAGCTAGTGGTATTTCCTCTCGAACTGGTACCGGAGATTGGGATTCAAAATTCGAAGATGCTCAAGTGGATGAAGCTGAATCCACTCTTAAAGAAGCCCTTTCCCTGAACTATGAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

728 aa · LXL04_007922|LXL04_007922|OH1004|PROTEIN

MSKATHCFCHLNVKDASRTYEGPGTLQQFKVEEPISRSPESLATRDFSASGISSRTGTGDWDSKFEDAQVDEAESTLKEALSLNYEEARALLGRLEYQRGNFDAALQVFYGIDIRSLSPRMIKAISDRTLQQNSKPKRENSVVGVMSLHSVSLLLEAILLKAKSLQEMERFKEAAKECKMILDIVESALPTGIPDSIAQDCKLQEMFHKALELLPKLWIEAGLLNEAIIAYRRALVNPWNLDPQRLSTLQKDLAAVLLYG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007922`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007922

位置 Chr02:74907497-74910987 (-)

描述 Similar to NPGR1: Protein NPGR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g27460`	蛋白 NPGR1。	暂无已核实直接文献
`At2g43040`	钙调蛋白结合蛋白对于花粉萌发至关重要，但对于小孢子发生或配子发生不是必需的。	A calmodulin-binding protein from Arabidopsis has an essential role in pollen germination.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1734110100
`At4g28600`	蛋白质 NPGR2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007922 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0046854 phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0072659 protein localization to plasma membrane 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009898 cytoplasmic side of plasma membrane 细胞组分

GO:0098857 membrane microdomain 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27460

ath:AT2G43040

ath:AT4G28600

hsa:145567

mmu:104718

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.474

排名 1 · LXL04_007922 · OH-1004

细胞核0.388

排名 2 · LXL04_007922 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 3 · LXL04_007922 · OH-1004

高尔基体0.075

排名 4 · LXL04_007922 · OH-1004

内质网0.071

排名 5 · LXL04_007922 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13432.13TPR_1666-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007922	`PF13432.13`	TPR_16	66	111	7.7e-11	42.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CB03`	拟南芥	Protein NPGR1	57.992%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GZN1`	拟南芥	Protein NPG1	41.350%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q66GN3`	拟南芥	Protein NPGR2	40.586%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情