LXL04_007770 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007770

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 60294106-60299707 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2805 bp · LXL04_007770|LXL04_007770|OH1004|cDNA

ATGGGGGAAGAAGAAACTAGGGATGAACTTCCCTCCAATGAGAAAGAATTGGCCTCTGATTCTACTGCAACAACAGAGGATAAAAACACAATTCAAGCAGAAGATAGTaatgctgaagaagaagaagaagatgatgatggtgatgatgatgaagaagaagaagaagatgcaGAAGAGCCTTTTACATTAAGATTTGAAGGAGAGACAAATCCCTTGGCTCTCACAGAAGTGGATGCATTTGGAGCTCAGCCTTATGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2805 bp · LXL04_007770|LXL04_007770|OH1004|CDS

ATGGGGGAAGAAGAAACTAGGGATGAACTTCCCTCCAATGAGAAAGAATTGGCCTCTGATTCTACTGCAACAACAGAGGATAAAAACACAATTCAAGCAGAAGATAGTAATGCTGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGATGGTGATGATGATGAAGAAGAAGAAGAAGATGCAGAAGAGCCTTTTACATTAAGATTTGAAGGAGAGACAAATCCCTTGGCTCTCACAGAAGTGGATGCATTTGGAGCTCAGCCTTATGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

934 aa · LXL04_007770|LXL04_007770|OH1004|PROTEIN

MGEEETRDELPSNEKELASDSTATTEDKNTIQAEDSNAEEEEEDDDGDDDEEEEEDAEEPFTLRFEGETNPLALTEVDAFGAQPYEQLERLENEYEALAAKKRKANNHQGMPPGKKLRQDDFPGANFEELLAEMTYGMRRKRKIKKRGRRKGSKRKLSPEITQKLGDATLHYAHGDYEKAIPLLKEIILSSPNLPDPYHTLGLIYNATGKKKKAIDFYMLAVHLTPKDASLWKLLVTWSLEQGNHGQARYCLDRAIRADP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007770`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007770

位置 Chr02:60294106-60299707 (+)

描述 Similar to GTF3C3: General transcription factor 3C polypeptide 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18420`	对叶绿体发育早期阶段必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007770 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006383 transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0006384 transcription initiation at RNA polymerase III promoter 生物过程

GO:0042791 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0042797 tRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0000127 transcription factor TFIIIC complex 细胞组分

GO:0001650 fibrillar center 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分

GO:0000995 RNA polymerase III general transcription initiation factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

hsa:9330

sce:YGR047C

spo:2539187

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.520

排名 1 · LXL04_007770 · OH-1004

细胞质0.405

排名 2 · LXL04_007770 · OH-1004

内质网0.067

排名 3 · LXL04_007770 · OH-1004

高尔基体0.058

排名 4 · LXL04_007770 · OH-1004

细胞膜0.050

排名 5 · LXL04_007770 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29407.1CFAP70_TPR_C160-366 aa

PF14559.13TPR_19172-235 aa

PF23914.2TPR_CcmH_CycH223-316 aa

PF13371.13TPR_9238-305 aa

PF13432.13TPR_16240-294 aa

PF14559.13TPR_19275-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007770	`PF29407.1`	CFAP70_TPR_C	160	366	1e-13	52.1
LXL04_007770	`PF14559.13`	TPR_19	172	235	1.3e-22	80.6
LXL04_007770	`PF23914.2`	TPR_CcmH_CycH	223	316	6.2e-09	36.6
LXL04_007770	`PF13371.13`	TPR_9	238	305	4.3e-16	59.4
LXL04_007770	`PF13432.13`	TPR_16	240	294	4.4e-12	46.9
LXL04_007770	`PF14559.13`	TPR_19	275	332	1.3e-22	80.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LS48`	拟南芥	protein SLOW GREEN 1, chloroplastic	28.758%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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