LXL04_007694 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007694

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 57001046-57011743 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3595 bp · LXL04_007694|LXL04_007694|OH1004|cDNA

GTAAGTTACTCGAAATTTTTCAGTGTAGCTTTTTCCAAGTTTTCACTTCCCCCCTAAGTCCCTTCTTTCGCGCCCTCTAGTTTCAACTCCGACGATGGCGGACGCCGACGGTAAGGCTGCAAAGGAACTGATTCGCGATGTCGGCAAACAACTCGCTGCCAAACAGAAATGTCCTCACAAAGATTCCCTCGTAAAATTGCTCCGACAAGCTGCAAGTGCATTGCCAAAGTTAAAAACACAATCAGATTTGCTAAAGCCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3300 bp · LXL04_007694|LXL04_007694|OH1004|CDS

ATGGCGGACGCCGACGGTAAGGCTGCAAAGGAACTGATTCGCGATGTCGGCAAACAACTCGCTGCCAAACAGAAATGTCCTCACAAAGATTCCCTCGTAAAATTGCTCCGACAAGCTGCAAGTGCATTGCCAAAGTTAAAAACACAATCAGATTTGCTAAAGCCTGCCATAAAGCCATTGAGTGGATCTCTAGTGAAGCATGGGTTGTTGAGGCAAAAGGACAAAGATGTGAGGCTTTTGGTTGCCATCTGTGTCTGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1099 aa · LXL04_007694|LXL04_007694|OH1004|PROTEIN

MADADGKAAKELIRDVGKQLAAKQKCPHKDSLVKLLRQAASALPKLKTQSDLLKPAIKPLSGSLVKHGLLRQKDKDVRLLVAICVCEILRILAPNPGFSDEDFRDIYQLFLGMFAELGDTKSPYFSKRVALLETIAKFNFCVLMLDTGCEDLVLKMFNIFFSVIRKEHPSNVYGAMSSIMSLIFQEKSSQELLEVILQSLIKESKDASPASFQLGISVIEGCSEALQPVVCRFLNCCILDRDGVNSDLKESYHAIIYEIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007694`
TK1151 ID	TkA03G207800
OH-1004 ID	LXL04_007694
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.908 / OH-1004 45.314 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007694

位置 Chr02:57001046-57011743 (+)

描述 Similar to PDS5A: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77600`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Leaf phenomics: a systematic reverse genetic screen for Arabidopsis leaf mutants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12595 Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
`At5g47690`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007694 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009952 anterior/posterior pattern specification 生物过程

GO:0009954 proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0035825 homologous recombination 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0097402 neuroblast migration 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77600

ath:AT5G47690

gga:422787

hsa:23244

rno:305343

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.753

排名 1 · LXL04_007694 · OH-1004

细胞质0.267

排名 2 · LXL04_007694 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 3 · LXL04_007694 · OH-1004

内质网0.032

排名 4 · LXL04_007694 · OH-1004

高尔基体0.027

排名 5 · LXL04_007694 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20168.5PDS530-1083 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007694	`PF20168.5`	PDS5	30	1083	2.4e-249	830.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I735`	拟南芥	Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B	41.863%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B6EUB3`	拟南芥	Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A	34.707%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情