LXL04_007640 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007640

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 54947970-54950781 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1815 bp · LXL04_007640|LXL04_007640|OH1004|cDNA

ATGCCGGTAATGGAAAGATCAGAAATCGGAATTCCGATTTGGCCAGTGAACCCCTCAACCGGTAATCGCCGGAGAGGACCGCTCAGGAGCAGGACTGTTGACACACTTCTTCATATACTGTCCATTTGCTATGCCGATTCTTCTCATATCACTCAAAATTCAGATAAGAGCCACACTCTTGAAGAATCAGTCACAAAAGATGATTCAGTAGATAAAGAAGAAACAAATGTGGATGAAACAAAAGTAATTTTAGGTACTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1815 bp · LXL04_007640|LXL04_007640|OH1004|CDS

ATGCCGGTAATGGAAAGATCAGAAATCGGAATTCCGATTTGGCCAGTGAACCCCTCAACCGGTAATCGCCGGAGAGGACCGCTCAGGAGCAGGACTGTTGACACACTTCTTCATATACTGTCCATTTGCTATGCCGATTCTTCTCATATCACTCAAAATTCAGATAAGAGCCACACTCTTGAAGAATCAGTCACAAAAGATGATTCAGTAGATAAAGAAGAAACAAATGTGGATGAAACAAAAGTAATTTTAGGTACTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

604 aa · LXL04_007640|LXL04_007640|OH1004|PROTEIN

MPVMERSEIGIPIWPVNPSTGNRRRGPLRSRTVDTLLHILSICYADSSHITQNSDKSHTLEESVTKDDSVDKEETNVDETKVILGTQEEEFCNTHVEPVEQDHNISEERKDLSSPHLVTDKDVEEGEIAGEFLNLIPEDDVASVDKTGSEHEDFVGIESEFEKNNSLTSLSIDTVDDIGKGMAVVVSKTKRNLVDYSEIALQSNITKSATKNQDFASPVKNNGTQNNKKRPGSCTVEKRTNKKARKSVDQSTCPQDLTTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007640`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007640

位置 Chr02:54947970-54950781 (-)

描述 Similar to EMB1789: Zinc finger CCCH domain-containing protein 65

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56930`	体外具有 RNA 结合和核糖核酸酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0572100`	含锌指CCCH结构域蛋白7。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007640 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0032785 negative regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程

GO:0071027 nuclear RNA surveillance 生物过程

GO:0110064 lncRNA catabolic process 生物过程

GO:0140744 negative regulation of lncRNA transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0001227 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G56930

dosa:Os01g0572100

hsa:23211

mmu:330474

osa:4326353

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.956

排名 1 · LXL04_007640 · OH-1004

细胞质0.116

排名 2 · LXL04_007640 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 3 · LXL04_007640 · OH-1004

线粒体0.012

排名 4 · LXL04_007640 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_007640 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18345.8zf_CCCH_4329-347 aa

PF18345.8zf_CCCH_4383-402 aa

PF22623.3zf-CCCH_9383-412 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007640	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	329	347	5.8e-09	36.4
LXL04_007640	`PF18345.8`	zf_CCCH_4	383	402	5.8e-09	36.4
LXL04_007640	`PF22623.3`	zf-CCCH_9	383	412	2.9e-08	34.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTS7`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 65	37.778%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q657B3`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 7	44.958%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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