基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_007504
当前版本: OH-1004
染色体: Chr02
坐标: 50861900-50864572
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2673 bp · LXL04_007504|LXL04_007504|OH1004|cDNA
ATGGTGAGACTAAGATACCTAAAGCAAAATTCCCTAAAAGCCCTTCTTTCTCCTCTCAGTAACAACCACTTGTTCATCTATTCAACACTagcaaccaccaccaccaccaccaatCATCTGAGTCTAACCCCATTAATTCCCTCTTTTCCATCACCAGCCCATAAATCACAAAACCATGATTTGGCAGTAACATTTCGCGAATGGTTCAAGTCAAGTGGAAACCCTCTTCTTGACCAAATCCTCCACATCTTATCATCAAA...
CDS
下载 CDS FASTA2673 bp · LXL04_007504|LXL04_007504|OH1004|CDS
ATGGTGAGACTAAGATACCTAAAGCAAAATTCCCTAAAAGCCCTTCTTTCTCCTCTCAGTAACAACCACTTGTTCATCTATTCAACACTAGCAACCACCACCACCACCACCAATCATCTGAGTCTAACCCCATTAATTCCCTCTTTTCCATCACCAGCCCATAAATCACAAAACCATGATTTGGCAGTAACATTTCGCGAATGGTTCAAGTCAAGTGGAAACCCTCTTCTTGACCAAATCCTCCACATCTTATCATCAAA...
890 aa · LXL04_007504|LXL04_007504|OH1004|PROTEIN
MVRLRYLKQNSLKALLSPLSNNHLFIYSTLATTTTTTNHLSLTPLIPSFPSPAHKSQNHDLAVTFREWFKSSGNPLLDQILHILSSNENQDLKIEREAIDTALSRLNLHLTQSLVLDVLSYGKDVLSCTKFFDWAGRQPGFHHSRATFHAIFKILSKQQMMSIMFDYLDSYKKHRGHKTNFHNILVMGYAVAGKPEIALQLFGRMRFQGIDLDDFSYHVLLNSLVEEGNFNGVESVARQIKNRGFESEVTYSILVKGFCR...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_007504 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_007504 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr02:50861900-50864572 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to At1g71210: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71210, mitochondrial | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G71210 ath:AT3G06920 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
线粒体0.824
质体0.090
细胞核0.063
细胞质0.036
细胞膜0.012
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13041.13PPR_2183-225 aaPF13041.13PPR_2216-260 aaPF12854.14PPR_1248-269 aaPF13041.13PPR_2354-403 aaPF13041.13PPR_2393-438 aaPF13041.13PPR_2425-473 aaPF13041.13PPR_2530-566 aaPF13041.13PPR_2674-720 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 183 | 225 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 216 | 260 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF12854.14 | PPR_1 | 248 | 269 | 2.8e-42 | 142.9 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 354 | 403 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 393 | 438 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 425 | 473 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 530 | 566 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 674 | 720 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF13812.13 | PPR_3 | 803 | 856 | 7e-22 | 78.0 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 814 | 860 | 8.7e-71 | 234.6 |
| LXL04_007504 | PF12854.14 | PPR_1 | 843 | 875 | 2.8e-42 | 142.9 |
| LXL04_007504 | PF13041.13 | PPR_2 | 851 | 886 | 8.7e-71 | 234.6 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8GZA6 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71210, mitochondrial | 42.703% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9M907 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920 | 20.217% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9CA58 | 拟南芥 | Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580 | 22.151% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9ASZ8 | 拟南芥 | Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620 | 25.646% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q76C99 | 水稻 | Protein Rf1, mitochondrial | 23.259% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |