LXL04_007473 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007473

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 49346221-49351365 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2160 bp · LXL04_007473|LXL04_007473|OH1004|cDNA

ATGGGAAAAGATGGACTTGAGATAAAGAATAATAAGAACGGTAAGCGCACCCGCCACACCCCCATTATTTCAGGGGACGTCCCGAGTTCGATACATCCCGAAGGGCAGTTCGAACCCAAGGGGTTTCCAGGGAGAAAATTTCACCACACCAGGGTTGGAGAAGGAATTACCGAGTCGGTCACAATCAGACCAGAACCTTCACCCCGATGGGTTATTAAAACCCGGTACATCACACCTGCCAAGGATCGAACACGGTACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2160 bp · LXL04_007473|LXL04_007473|OH1004|CDS

ATGGGAAAAGATGGACTTGAGATAAAGAATAATAAGAACGGTAAGCGCACCCGCCACACCCCCATTATTTCAGGGGACGTCCCGAGTTCGATACATCCCGAAGGGCAGTTCGAACCCAAGGGGTTTCCAGGGAGAAAATTTCACCACACCAGGGTTGGAGAAGGAATTACCGAGTCGGTCACAATCAGACCAGAACCTTCACCCCGATGGGTTATTAAAACCCGGTACATCACACCTGCCAAGGATCGAACACGGTACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

719 aa · LXL04_007473|LXL04_007473|OH1004|PROTEIN

MGKDGLEIKNNKNGKRTRHTPIISGDVPSSIHPEGQFEPKGFPGRKFHHTRVGEGITESVTIRPEPSPRWVIKTRYITPAKDRTRYLPEGDQLNYRLDKILYVYILQLEETRIILEINRTRMGGCFSDVSGGKAAVGGLHNLQHQRGPSSNYVAVASSSGNAQNEAVDFFFRSKGLQPLFTRIELSLSASSLCDRDLMSKSDPMAVVYAKKRDGTLEELGRTEVIMNSLNPMWIQKIDVLFHFEIVQPLIFHVYDVDSKY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007473`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007473

位置 Chr02:49346221-49351365 (+)

描述 Similar to BON3: Protein BONZAI 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08860`	细胞死亡和防御反应的负调节因子。	The BON/CPN gene family represses cell death and promotes cell growth in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02585.x Multiple R-like genes are negatively regulated by BON1 and BON3 in arabidopsis.2009 · DOI: 10.1094/mpmi-22-7-0840
`At5g61900`	细胞死亡和防御反应的负调节因子。	A haplotype-specific Resistance gene regulated by BONZAI1 mediates temperature-dependent growth control in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.020479 The BON/CPN gene family represses cell death and promotes cell growth in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02585.x Evidence that the BONZAI1/COPINE1 protein is a calcium- and pathogen-responsive defense suppressor.2009 · DOI: 10.1007/s11103-008-9413-6 Multiple R-like genes are negatively regulated by BON1 and BON3 in arabidopsis.2009 · DOI: 10.1094/mpmi-22-7-0840 Requirement of calcium binding, myristoylation, and protein-protein interaction for the Copine BON1 function in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m109.066100
`At5g07300`	细胞死亡和防御反应的负调节因子。	The BON/CPN gene family represses cell death and promotes cell growth in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02585.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007473 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009270 response to humidity 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0019725 cellular homeostasis 生物过程

GO:0030335 positive regulation of cell migration 生物过程

GO:0038128 ERBB2 signaling pathway 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08860

ath:AT5G07300

ath:AT5G61900

hsa:8895

hsa:8904

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.419

排名 1 · LXL04_007473 · OH-1004

细胞膜0.279

排名 2 · LXL04_007473 · OH-1004

细胞核0.267

排名 3 · LXL04_007473 · OH-1004

内质网0.110

排名 4 · LXL04_007473 · OH-1004

高尔基体0.096

排名 5 · LXL04_007473 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C2187-290 aa

PF00168.37C2330-417 aa

PF07002.23Copine491-706 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007473	`PF00168.37`	C2	187	290	8.3e-26	90.9
LXL04_007473	`PF00168.37`	C2	330	417	8.3e-26	90.9
LXL04_007473	`PF07002.23`	Copine	491	706	1.1e-77	261.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XQC7`	拟南芥	Protein BONZAI 3	66.327%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q941L3`	拟南芥	Protein BONZAI 1	61.702%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5S1W2`	拟南芥	Protein BONZAI 2	56.367%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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