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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_007470
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 49318854-49320623 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1164 bp · LXL04_007470|LXL04_007470|OH1004|cDNA

atgtcatttttgACCCCGACGATTCTCATCAGTTTCCCTCCCGACGCCGCCGCGGTTAACTCATCGTCGCAGTTCTCCATGGATCCCGACGGACTTCCTCAGCCGCTCATCAACCTCTCAAAGGTACAATCACGAATGGACCACATCCACCGCTTCCTCTCCGCTTCACTCAACTCCAATTCCATCATTGGAGAATCGCAGATGGATATTGTCTCTAAGGAGATCGCATCCGCAATCAACCAAGTAATTGTCAACGGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1164 bp · LXL04_007470|LXL04_007470|OH1004|CDS

ATGTCATTTTTGACCCCGACGATTCTCATCAGTTTCCCTCCCGACGCCGCCGCGGTTAACTCATCGTCGCAGTTCTCCATGGATCCCGACGGACTTCCTCAGCCGCTCATCAACCTCTCAAAGGTACAATCACGAATGGACCACATCCACCGCTTCCTCTCCGCTTCACTCAACTCCAATTCCATCATTGGAGAATCGCAGATGGATATTGTCTCTAAGGAGATCGCATCCGCAATCAACCAAGTAATTGTCAACGGAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

387 aa · LXL04_007470|LXL04_007470|OH1004|PROTEIN

MSFLTPTILISFPPDAAAVNSSSQFSMDPDGLPQPLINLSKVQSRMDHIHRFLSASLNSNSIIGESQMDIVSKEIASAINQVIVNGAALLSCTGLPKSKSETPNLSLPPTTLTFDSKHSPESDLGLNHSKHDVELGFAKIEVFGEEAGDDWDIVELDAVELLAEHLHFCDLCGKGFKRDANLRMHMRAHGNKFKTLEALAKPEKSGLSSSSESTRGGRTRFSCPFAGCTRNKLHKKFRPLKSVICVKNHFKRSHCPKMYS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_007470
TK1151 IDTkA03G180010
OH-1004 IDLXL04_007470
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 93.282
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_007470
位置Chr02:49318854-49320623 (-)
描述Similar to STOP1: Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g34370 可能的转录因子。
Zinc finger protein STOP1 is critical for proton tolerance in Arabidopsis and coregulates a key gene in aluminum tolerance.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0700117104
Aluminum-activated citrate and malate transporters from the MATE and ALMT families function independently to confer Arabidopsis aluminum tolerance.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03696.x
STOP1 regulates multiple genes that protect arabidopsis from proton and aluminum toxicities.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134700
STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116
At5g22890 可能的转录因子。
STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116
At5g66730 转录因子通过调节种子成熟过程中的光和激素信号来促进发芽过渡。
The Arabidopsis C2H2 zinc finger INDETERMINATE DOMAIN1/ENHYDROUS promotes the transition to germination by regulating light and hormonal signaling during seed maturation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.085134
DELLAs function as coactivators of GAI-ASSOCIATED FACTOR1 in regulation of gibberellin homeostasis and signaling in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.125690

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0871200 可能参与铝耐受的概率转录因子。 暂无已核实直接文献
Os12g0170400 转录激活因子，调控参与铝（Al）耐受性的基因表达。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007470 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009937 regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程
GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程
GO:0010431 seed maturation 生物过程
GO:0010447 response to acidic pH 生物过程
GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0071453 cellular response to oxygen levels 生物过程
GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34370
ath:AT5G22890
ath:AT5G66730
dosa:Os01g0871200
dosa:Os12g0170400
osa:4324940
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980
排名 1 · LXL04_007470 · OH-1004
细胞质0.076
排名 2 · LXL04_007470 · OH-1004
细胞膜0.021
排名 3 · LXL04_007470 · OH-1004
内质网0.015
排名 4 · LXL04_007470 · OH-1004
质体0.009
排名 5 · LXL04_007470 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00096.33zf-C2H2167-189 aa
PF23115.2zf-C2H2_STOP2_3rd221-255 aa
PF23118.3zf-C2H2_STOP2_C286-314 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_007470PF00096.33zf-C2H21671891.9e-0628.7
LXL04_007470PF23115.2zf-C2H2_STOP2_3rd2212551.1e-1970.8
LXL04_007470PF23118.3zf-C2H2_STOP2_C2863143.6e-2071.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C8N5拟南芥Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 163.095%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q0WT24拟南芥Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 260.714%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LVQ7拟南芥Zinc finger protein ENHYDROUS30.964%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q943I6水稻Zinc finger protein STOP1 homolog65.060%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q2QX40水稻Zinc finger protein STAR358.896%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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