LXL04_007041 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007041

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 34246354-34247168 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

600 bp · LXL04_007041|LXL04_007041|OH1004|cDNA

ATGAAGAATCAGAGGACCATTGTAGTTGTTGTTTACATCAGAAACCCTAAAAAAATGGCCGATGGAGAAGAGGAGCTACCACGAGATGCCAAGATCGTCAAAACACTGCTAAAGTCAATGGGCGTTGACCACTACGAGCCTCGTGTAGTCCACCAGTTTCTAGAACTATGGTACCGCTACGTAGTCGATGTATTAACCGACGCACAAGTCTACTCAGAACATGCCGGAAAGTCAACCATTGACTCCGATGACGTCAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

600 bp · LXL04_007041|LXL04_007041|OH1004|CDS

ATGAAGAATCAGAGGACCATTGTAGTTGTTGTTTACATCAGAAACCCTAAAAAAATGGCCGATGGAGAAGAGGAGCTACCACGAGATGCCAAGATCGTCAAAACACTGCTAAAGTCAATGGGCGTTGACCACTACGAGCCTCGTGTAGTCCACCAGTTTCTAGAACTATGGTACCGCTACGTAGTCGATGTATTAACCGACGCACAAGTCTACTCAGAACATGCCGGAAAGTCAACCATTGACTCCGATGACGTCAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

199 aa · LXL04_007041|LXL04_007041|OH1004|PROTEIN

MKNQRTIVVVVYIRNPKKMADGEEELPRDAKIVKTLLKSMGVDHYEPRVVHQFLELWYRYVVDVLTDAQVYSEHAGKSTIDSDDVKLAIQSKVNFSFSQPPPREVLLELARNRNKIPLPKSISGPGMALPPDSDTLISPNYQLLIPRKRTSEVVEETEEDEEGSGDPKTNVSQEQRGDVAQNNNTQRVSFPIGGQKRSR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007041`
TK1151 ID	TkA03G105330
OH-1004 ID	LXL04_007041
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 90.955 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007041

位置 Chr02:34246354-34247168 (-)

描述 Similar to TAF9: Transcription initiation factor TFIID subunit 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54140`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007041 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000492 box C/D snoRNP assembly 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0032435 negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0042789 mRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54140

bta:532936

hsa:6880

mmu:108143

rno:373541

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.946

排名 1 · LXL04_007041 · OH-1004

细胞质0.174

排名 2 · LXL04_007041 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 3 · LXL04_007041 · OH-1004

线粒体0.015

排名 4 · LXL04_007041 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_007041 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02291.22TFIID-31kDa24-143 aa

PF15630.13CENP-S45-89 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007041	`PF02291.22`	TFIID-31kDa	24	143	9e-49	165.3
LXL04_007041	`PF15630.13`	CENP-S	45	89	1.5e-07	32.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYH2`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 9	81.061%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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