LXL04_006996 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006996

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 33095441-33098209 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1035 bp · LXL04_006996|LXL04_006996|OH1004|cDNA

ATGATTAGATTACAGAGCTCTTTATTCAATACTTTTCGTTCCAAATCGATCGCATTTCGGAGGTTATCAGTTTTTAGGGCGATGAGTTCGAAGAAGTATTCACCAAAAATGGCACCTCCAATTCTTTCTTTAGCTTTACCATCGGAAACCGGTCGGGTTCTCAGTATTCAATCTCACACTGTTCAGGGTTATGTTGGCAATAAGTCGGCTGTCTTTCCACTTCAACTACTAGGTTATGATGTGGATCCAATTATGTCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1035 bp · LXL04_006996|LXL04_006996|OH1004|CDS

ATGATTAGATTACAGAGCTCTTTATTCAATACTTTTCGTTCCAAATCGATCGCATTTCGGAGGTTATCAGTTTTTAGGGCGATGAGTTCGAAGAAGTATTCACCAAAAATGGCACCTCCAATTCTTTCTTTAGCTTTACCATCGGAAACCGGTCGGGTTCTCAGTATTCAATCTCACACTGTTCAGGGTTATGTTGGCAATAAGTCGGCTGTCTTTCCACTTCAACTACTAGGTTATGATGTGGATCCAATTATGTCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

344 aa · LXL04_006996|LXL04_006996|OH1004|PROTEIN

MIRLQSSLFNTFRSKSIAFRRLSVFRAMSSKKYSPKMAPPILSLALPSETGRVLSIQSHTVQGYVGNKSAVFPLQLLGYDVDPIMSVQFSNHTGYPTFKGQVLNGKQLWELIEGLEANNLLYYTHLLTGYIGSVSFLDNVLEVVKKLRSINPSLTYVCDPVMGDEGKLYVPQELVSVYREKVVPVASMLTPNQFEAEQLTGSRIASEEDGREACRHLHAAGPSKVVITSISLNGNLLLIGSHQKEKGQSPVQFKIVIPKI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006996`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006996

位置 Chr02:33095441-33098209 (+)

描述 Similar to PK: Pyridoxal kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37850`	催化磷酸基团从 ATP 转移到吡哆醛的 5-羟甲基，形成具有生物活性的磷酸吡哆醛，这是维生素 B6 的活性形式。	The Arabidopsis salt overly sensitive 4 mutants uncover a critical role for vitamin B6 in plant salt tolerance.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010417 SOS4, a pyridoxal kinase gene, is required for root hair development in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.001982

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006996 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008615 pyridoxine biosynthetic process 生物过程

GO:0009443 pyridoxal 5'-phosphate salvage 生物过程

GO:0010054 trichoblast differentiation 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0042816 vitamin B6 metabolic process 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G37850

bta:514168

mmu:216134

oas:443049

ssc:396983

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.622

排名 1 · LXL04_006996 · OH-1004

细胞质0.231

排名 2 · LXL04_006996 · OH-1004

过氧化物酶体0.138

排名 3 · LXL04_006996 · OH-1004

细胞核0.093

排名 4 · LXL04_006996 · OH-1004

质体0.045

排名 5 · LXL04_006996 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08543.18Phos_pyr_kin131-235 aa

PF00294.30PfkB180-294 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006996	`PF08543.18`	Phos_pyr_kin	131	235	1.8e-15	57.7
LXL04_006996	`PF00294.30`	PfkB	180	294	6.2e-08	33.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W1X2`	拟南芥	Pyridoxal kinase	83.713%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情