LXL04_006772 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006772

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 24944809-24946452 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1644 bp · LXL04_006772|LXL04_006772|OH1004|cDNA

ATGGGCCAATCTTCTTCCTCCCACTCGCCGTCGCCGTCGCCGGCGGGGTCAACACACCTCCGGTCCATCACCAGGACGTCGTCTTCTTCCTCTGCTAGATCCGAGATTCTTGGTTTTAGGTACGCCAAAGAGGAGGCGTGTATCGAGTTTCCGGATTCAACCACTTCATGTGTCGACTATACATCTGAAATTCCCGATGATTGCTTAGCCGTAGTTTTCCAGTTTCTTGGTGCAGGCGACCGGAAGCGCTGCTCCCTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1644 bp · LXL04_006772|LXL04_006772|OH1004|CDS

ATGGGCCAATCTTCTTCCTCCCACTCGCCGTCGCCGTCGCCGGCGGGGTCAACACACCTCCGGTCCATCACCAGGACGTCGTCTTCTTCCTCTGCTAGATCCGAGATTCTTGGTTTTAGGTACGCCAAAGAGGAGGCGTGTATCGAGTTTCCGGATTCAACCACTTCATGTGTCGACTATACATCTGAAATTCCCGATGATTGCTTAGCCGTAGTTTTCCAGTTTCTTGGTGCAGGCGACCGGAAGCGCTGCTCCCTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

547 aa · LXL04_006772|LXL04_006772|OH1004|PROTEIN

MGQSSSSHSPSPSPAGSTHLRSITRTSSSSSARSEILGFRYAKEEACIEFPDSTTSCVDYTSEIPDDCLAVVFQFLGAGDRKRCSLVSRRWLLVEGQSRHRLALDAKSGVVPFIPSIFSRFDSVTKLSLRCDRRSVSIDDNGLILISLRCVNLTRLKLRGCREITDVGMAALAKNCKGLKKFSCGSCMFGAKGMNALLDNCSALEELSVKRLRGINDGVTAEPIGPGAAAMSLKSVCLKELYNGQFFGPLISGAKNLKTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006772`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006772

位置 Chr02:24944809-24946452 (-)

描述 Similar to SKIP2: F-box protein SKIP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67250`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g47056`	F-盒蛋白 At1g47056。	暂无已核实直接文献
`At4g07400`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 8。	暂无已核实直接文献
`At3g50080`	F-box/LRR重复蛋白 16。	暂无已核实直接文献
`At4g15475`	F-box/LRR重复蛋白4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006772 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47056

ath:AT3G50080

ath:AT4G07400

ath:AT4G15475

ath:AT5G67250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.639

排名 1 · LXL04_006772 · OH-1004

细胞质0.213

排名 2 · LXL04_006772 · OH-1004

细胞膜0.133

排名 3 · LXL04_006772 · OH-1004

质体0.074

排名 4 · LXL04_006772 · OH-1004

内质网0.041

排名 5 · LXL04_006772 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box62-91 aa

PF29594.1LRR_SKP2114-202 aa

PF25372.2LRR_FBXL15119-187 aa

PF29594.1LRR_SKP2258-394 aa

PF25372.2LRR_FBXL15303-449 aa

PF24758.2LRR_At5g56370308-412 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006772	`PF00646.39`	F-box	62	91	5.6e-06	26.8
LXL04_006772	`PF29594.1`	LRR_SKP2	114	202	2.5e-14	53.9
LXL04_006772	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	119	187	3.7e-17	62.6
LXL04_006772	`PF29594.1`	LRR_SKP2	258	394	2.5e-14	53.9
LXL04_006772	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	303	449	3.7e-17	62.6
LXL04_006772	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	308	412	2.7e-11	44.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FE83`	拟南芥	F-box protein SKIP2	60.656%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C626`	拟南芥	F-box protein At1g47056	58.366%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S9X4`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein 8	58.861%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SN10`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 16	56.364%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C5D2`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 4	26.419%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情