LXL04_006431 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006431

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 10659846-10673688 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6594 bp · LXL04_006431|LXL04_006431|OH1004|cDNA

ATGGAAGGACTTCATGTTGCGCTTAAATGTGCCAAAGAGAAAGGAATTTTTAGAGGCCTTAACATCCCGAATCACGAGCCTTCCCTATCCCACCTCTTTTACGCGGACGATGCTTTCCATGAGGAGATTGATAGTTGGGCTCGGATCTTAGGGTGTGACTCGGGCTCTCTCCCGTTCAACTATCTCGGTGTACCCGTCAGGGCTAATGTGAACCGCATTAAGAATTGGAAGCCTATCATTGATCGTTTTCACTCCAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

6594 bp · LXL04_006431|LXL04_006431|OH1004|CDS

ATGGAAGGACTTCATGTTGCGCTTAAATGTGCCAAAGAGAAAGGAATTTTTAGAGGCCTTAACATCCCGAATCACGAGCCTTCCCTATCCCACCTCTTTTACGCGGACGATGCTTTCCATGAGGAGATTGATAGTTGGGCTCGGATCTTAGGGTGTGACTCGGGCTCTCTCCCGTTCAACTATCTCGGTGTACCCGTCAGGGCTAATGTGAACCGCATTAAGAATTGGAAGCCTATCATTGATCGTTTTCACTCCAAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2197 aa · LXL04_006431|LXL04_006431|OH1004|PROTEIN

MEGLHVALKCAKEKGIFRGLNIPNHEPSLSHLFYADDAFHEEIDSWARILGCDSGSLPFNYLGVPVRANVNRIKNWKPIIDRFHSKLSSWKAATLSFGGRLILIKAVLGSLPTYYLSLFKAPTGVVETLEKIRRKFLWSGVGDKRKIHWISWNDISAPIDKGGQGIGSIYALNIGLMVKWWWRLKTKPNALWAKITSGIHKLDGKPVEYLHRRSITGVWSNIANSIKDIRKIGLTFQDTMTCSRDDPDTRQHRWRCPISS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006431`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006431

位置 Chr02:10659846-10673688 (+)

描述 Similar to LINE-1 reverse transcriptase homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65750`	推定的核糖核酸酶H蛋白At1g65750。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006431 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0032197 retrotransposition 生物过程

GO:0090304 nucleic acid metabolic process 生物过程

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003824 catalytic activity 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能

GO:0009036 type II site-specific deoxyribonuclease activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.503

排名 1 · LXL04_006431 · OH-1004

细胞核0.399

排名 2 · LXL04_006431 · OH-1004

细胞膜0.141

排名 3 · LXL04_006431 · OH-1004

内质网0.043

排名 4 · LXL04_006431 · OH-1004

高尔基体0.039

排名 5 · LXL04_006431 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13966.12zf-RVT289-347 aa

PF14529.13Exo_endo_phos_2862-962 aa

PF00078.33RVT_11226-1481 aa

PF13966.12zf-RVT1770-1838 aa

PF04827.21Plant_tran1964-2151 aa

PF13359.13DDE_Tnp_41993-2150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006431	`PF13966.12`	zf-RVT	289	347	3.7e-26	92.3
LXL04_006431	`PF14529.13`	Exo_endo_phos_2	862	962	4.2e-06	27.3
LXL04_006431	`PF00078.33`	RVT_1	1226	1481	1e-26	94.8
LXL04_006431	`PF13966.12`	zf-RVT	1770	1838	3.7e-26	92.3
LXL04_006431	`PF04827.21`	Plant_tran	1964	2151	1.8e-77	260.3
LXL04_006431	`PF13359.13`	DDE_Tnp_4	1993	2150	3.1e-09	37.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0C2F6`	拟南芥	Putative ribonuclease H protein At1g65750	27.354%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情