LXL04_006343 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006343

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 8174486-8178181 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2454 bp · LXL04_006343|LXL04_006343|OH1004|cDNA

ATGAGATTGAGTGTCGAGATGATTGCACCAAACGCTCATGAGGTAGCTTTAGGAACAGTAATGGTGGAGTTACTGAGCGCTGTACAATCAGAATCAAAAAGAACAGCCAACTTTAGAACTCTTCTCAAGCGCCTGGAGAAAACTTTAAGGAACATCGAGCCAATATTTTATGGAATTGAGAGGTTGAGGAAGGTGCTGTACTGCTATCCTGAAAACGAGACCAAACTGTTCATATTTTATGTGGCAAATGGAAGAGAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2454 bp · LXL04_006343|LXL04_006343|OH1004|CDS

ATGAGATTGAGTGTCGAGATGATTGCACCAAACGCTCATGAGGTAGCTTTAGGAACAGTAATGGTGGAGTTACTGAGCGCTGTACAATCAGAATCAAAAAGAACAGCCAACTTTAGAACTCTTCTCAAGCGCCTGGAGAAAACTTTAAGGAACATCGAGCCAATATTTTATGGAATTGAGAGGTTGAGGAAGGTGCTGTACTGCTATCCTGAAAACGAGACCAAACTGTTCATATTTTATGTGGCAAATGGAAGAGAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

817 aa · LXL04_006343|LXL04_006343|OH1004|PROTEIN

MRLSVEMIAPNAHEVALGTVMVELLSAVQSESKRTANFRTLLKRLEKTLRNIEPIFYGIERLRKVLYCYPENETKLFIFYVANGREVVLECSNIKCWNVYKKFLHANKLIALDNMLLRFFQDNMSLNRRSLFEIYALGDKMDQVLTAVTKQTSGLLSDSCSVPGMPDVIIGLDSHLQNLKQILLKDDTHVLTVSAPGGCGKTTLAKMLCHDNEIKDIFGDNILYVTVSKTTSLKTIIQKLFSHFHVNACELQTDEDAKNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006343`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006343

位置 Chr02:8174486-8178181 (-)

描述 Similar to At5g66900: Probable disease resistance protein At5g66900

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66900`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g66910`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g33300`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g04720`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g47280`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006343 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33300

ath:AT5G04720

ath:AT5G47280

ath:AT5G66900

ath:AT5G66910

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.379

排名 1 · LXL04_006343 · OH-1004

细胞膜0.332

排名 2 · LXL04_006343 · OH-1004

细胞核0.220

排名 3 · LXL04_006343 · OH-1004

内质网0.111

排名 4 · LXL04_006343 · OH-1004

溶酶体／液泡0.072

排名 5 · LXL04_006343 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05659.17RPW816-128 aa

PF00931.29NB-ARC174-337 aa

PF13401.13AAA_22189-280 aa

PF23598.2LRR_14576-709 aa

PF25019.1LRR_R13L1-DRL21653-711 aa

PF23598.2LRR_14679-733 aa

PF23598.2LRR_14720-785 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006343	`PF05659.17`	RPW8	16	128	1.1e-22	80.9
LXL04_006343	`PF00931.29`	NB-ARC	174	337	6.2e-24	85.2
LXL04_006343	`PF13401.13`	AAA_22	189	280	5.5e-09	37.1
LXL04_006343	`PF23598.2`	LRR_14	576	709	5.5e-17	62.3
LXL04_006343	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	653	711	4e-11	43.6
LXL04_006343	`PF23598.2`	LRR_14	679	733	5.5e-17	62.3
LXL04_006343	`PF23598.2`	LRR_14	720	785	5.5e-17	62.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKZ1`	拟南芥	Probable disease resistance protein At5g66900	40.024%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKZ0`	拟南芥	Probable disease resistance protein At5g66910	39.093%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZA7`	拟南芥	Probable disease resistance protein At4g33300	32.681%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZ25`	拟南芥	Probable disease resistance protein At5g04720	31.220%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVT1`	拟南芥	Putative disease resistance protein At5g47280	35.499%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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