LXL04_006336 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006336

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 8081504-8084181 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1128 bp · LXL04_006336|LXL04_006336|OH1004|cDNA

ATGGATCGGTCAATGGCTGCGGCGAGTTCCGGTATCGATTTGCCGATCATGCACGATAGCGACCGGTACGATTTGGTTAAGGATATTGGGTCGGGTAATTTTGGAGTTGCGAGGCTTATGAGAGATAAACAGACTAAAGAGCTGGTTGCTGTTAAGTATATTGAAAGAGGCGAAAAGATAGACGAAAATGTTCAAAGGGAAATCATCAATCACAGGTCGCTAAGACATCCTAATATCGTTAGATTCAGAGAGCTCATATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1128 bp · LXL04_006336|LXL04_006336|OH1004|CDS

ATGGATCGGTCAATGGCTGCGGCGAGTTCCGGTATCGATTTGCCGATCATGCACGATAGCGACCGGTACGATTTGGTTAAGGATATTGGGTCGGGTAATTTTGGAGTTGCGAGGCTTATGAGAGATAAACAGACTAAAGAGCTGGTTGCTGTTAAGTATATTGAAAGAGGCGAAAAGATAGACGAAAATGTTCAAAGGGAAATCATCAATCACAGGTCGCTAAGACATCCTAATATCGTTAGATTCAGAGAGCTCATATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

375 aa · LXL04_006336|LXL04_006336|OH1004|PROTEIN

MDRSMAAASSGIDLPIMHDSDRYDLVKDIGSGNFGVARLMRDKQTKELVAVKYIERGEKIDENVQREIINHRSLRHPNIVRFRELILTPTHLAIVMEYASGGELFDRISNAGRFNEDEARFFFQQLISGVSYCHSMQVCHRDLKLENTLLDGSPAPRLKICDFGYSKSSVLHSQPKSTVGTPAYIAPEVLLRQEYDGKIADVWSCGVTLYVMLVGGYPFEDPNEPKDFRKTIHRILHVQYSIPENIQISPECSHLISRIF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006336`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006336

位置 Chr02:8081504-8084181 (+)

描述 Similar to SRK2I: Serine/threonine-protein kinase SRK2I

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66880`	与 SRK2D 一起，是脱落酸信号通路的关键成分和激活剂，可调节多种 ABA 反应，例如种子发芽、Pro 积累、根生长抑制、休眠和幼苗生长，以及较小程度的气孔关闭。	Identification of two protein kinases required for abscisic acid regulation of seed germination, root growth, and gene expression in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048538
`At4g33950`	可能激活脱落酸信号通路，参与干旱、黑暗及高 CO₂ 等条件下的气孔关闭。	Use of infrared thermal imaging to isolate Arabidopsis mutants defective in stomatal regulation.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01322.x Arabidopsis OST1 protein kinase mediates the regulation of stomatal aperture by abscisic acid and acts upstream of reactive oxygen species production.2002 · DOI: 10.1105/tpc.007906 ABA-activated SnRK2 protein kinase is required for dehydration stress signaling in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf188 Cytoplasmic alkalization precedes reactive oxygen species production during methyl jasmonate- and abscisic acid-induced stomatal closure.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.032250 The regulatory domain of SRK2E/OST1/SnRK2.6 interacts with ABI1 and integrates abscisic acid (ABA) and osmotic stress signals controlling stomatal closure in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m509820200 The identification of genes involved in the stomatal response to reduced atmospheric relative humidity.2006 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.03.028 Identification of features regulating OST1 kinase activity and OST1 function in guard cells.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.079327 Plant stomata function in innate immunity against bacterial invasion.2006 · DOI: 10.1016/j.cell.2006.06.054 Ozone-triggered rapid stomatal response involves the production of reactive oxygen species, and is controlled by SLAC1 and OST1.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04159.x
`At3g50500`	与 SRK2I 一起，是脱落酸信号通路的关键成分和激活剂，可调节多种 ABA 反应，例如种子发芽、Pro 积累、根生长抑制、休眠和幼苗生长，以及较小程度的气孔关闭。	Identification of two protein kinases required for abscisic acid regulation of seed germination, root growth, and gene expression in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048538

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0764800`	可能在高渗应答信号转导中起作用（可能）。	ABA Regulates Subcellular Redistribution of OsABI-LIKE2, a Negative Regulator in ABA Signaling, to Control Root Architecture and Drought Resistance in Oryza sativa.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv154
`Os03g0610900`	可能在高渗反应的信号转导中发挥作用。	ABA Regulates Subcellular Redistribution of OsABI-LIKE2, a Negative Regulator in ABA Signaling, to Control Root Architecture and Drought Resistance in Oryza sativa.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv154

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006336 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005985 sucrose metabolic process 生物过程

GO:0006636 unsaturated fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G50500

ath:AT4G33950

ath:AT5G66880

dosa:Os03g0610900

dosa:Os03g0764800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.589

排名 1 · LXL04_006336 · OH-1004

细胞核0.457

排名 2 · LXL04_006336 · OH-1004

细胞膜0.137

排名 3 · LXL04_006336 · OH-1004

线粒体0.055

排名 4 · LXL04_006336 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 5 · LXL04_006336 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase23-279 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr25-275 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006336	`PF00069.32`	Pkinase	23	279	3.5e-74	250.2
LXL04_006336	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	25	275	2.3e-33	116.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39193`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2I	77.174%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q940H6`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2E	79.883%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39192`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase SRK2D	75.749%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7Y0B9`	水稻	Serine/threonine-protein kinase SAPK8	81.790%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75H77`	水稻	Serine/threonine-protein kinase SAPK10	76.731%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情