LXL04_006323 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006323

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 6826405-6828570 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

666 bp · LXL04_006323|LXL04_006323|OH1004|cDNA

ATGAGTGAGGTATTTGAAGGTTACGAACGCCAATACTGCGAGCTATCGGCTGGATTGTCGAAGAAGTGTACATCGGCTAGTCTTCTAGATGGAGAGCAAAAGAAGCAGAAACTTTCTGAAATAACAGCTGGACTTGATCAAGCTGAAGCTCTGATACGCAAAATGGACCTTGAGGCAAGAAGCTTACAGCCAAATGTGAAGGCTGTGCTTCTTGCTAAGCTAAGGGAATACAAATCTGATCTAAATAATTTGAAAAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · LXL04_006323|LXL04_006323|OH1004|CDS

ATGAGTGAGGTATTTGAAGGTTACGAACGCCAATACTGCGAGCTATCGGCTGGATTGTCGAAGAAGTGTACATCGGCTAGTCTTCTAGATGGAGAGCAAAAGAAGCAGAAACTTTCTGAAATAACAGCTGGACTTGATCAAGCTGAAGCTCTGATACGCAAAATGGACCTTGAGGCAAGAAGCTTACAGCCAAATGTGAAGGCTGTGCTTCTTGCTAAGCTAAGGGAATACAAATCTGATCTAAATAATTTGAAAAGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · LXL04_006323|LXL04_006323|OH1004|PROTEIN

MSEVFEGYERQYCELSAGLSKKCTSASLLDGEQKKQKLSEITAGLDQAEALIRKMDLEARSLQPNVKAVLLAKLREYKSDLNNLKSEVKRIASNSLNQAARDELLESGMADAATVSADQKGRLLMSTERLNKTSDRVRDSRRTMLETEELGVSILQDLNQQRQSLLHAHGNLHGVDDNLGKSKKILTNMSRRMSRNKYIIGSIVAVLILAIILILYFKLKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006323`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006323

位置 Chr02:6826405-6828570 (-)

描述 Similar to VTI13: Vesicle transport v-SNARE 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g29100`	可能作为v-SNARE，负责靶向分泌途径相关小泡（通过同源）。	SNARE VTI13 plays a unique role in endosomal trafficking pathways associated with the vacuole and is essential for cell wall organization and root hair growth in arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/aob/mcu041
`At5g39510`	作为一种v-SNARE，负责将含AtELP的小泡从反式高尔基体网络（TGN）定向至前液泡室（PVC），并介导脂质体融合。	The plant vesicle-associated SNARE AtVTI1a likely mediates vesicle transport from the trans-Golgi network to the prevacuolar compartment.1999 · DOI: 10.1091/mbc.10.7.2251 SGR2, a phospholipase-like protein, and ZIG/SGR4, a SNARE, are involved in the shoot gravitropism of Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010215 Involvement of the vacuoles of the endodermis in the early process of shoot gravitropism in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.010216 Conversion of functional specificity in Qb-SNARE VTI1 homologues of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.021 Divergent functions of VTI12 and VTI11 in trafficking to storage and lytic vacuoles in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611147104 The occurrence of 'bulbs', a complex configuration of the vacuolar membrane, is affected by mutations of vacuolar SNARE and phospholipase in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04665.x Functional redundancy between trans-Golgi network SNARE family members in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2091-14-22 Mutations in the SGR4, SGR5 and SGR6 loci of Arabidopsis thaliana alter the shoot gravitropism.1997 · DOI: 10.1093/oxfordjournals.pcp.a029201
`At1g26670`	与 SYP41 或 SYP61 中的任意一个一起，需要用于膜融合；包含 SYP41 或 SYP61 和 VTI12 的磷脂囊泡的融合由 YKT61 和 YKT62 触发。	Conversion of functional specificity in Qb-SNARE VTI1 homologues of Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.021 YKT6 is a core constituent of membrane fusion machineries at the Arabidopsis trans-Golgi network.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.061 Divergent functions of VTI12 and VTI11 in trafficking to storage and lytic vacuoles in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611147104 Functional redundancy between trans-Golgi network SNARE family members in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2091-14-22

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006323 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0016189 synaptic vesicle to endosome fusion 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26670

ath:AT3G29100

ath:AT5G39510

hsa:143187

mmu:53611

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.543

排名 1 · LXL04_006323 · OH-1004

细胞质0.276

排名 2 · LXL04_006323 · OH-1004

溶酶体／液泡0.191

排名 3 · LXL04_006323 · OH-1004

内质网0.163

排名 4 · LXL04_006323 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 5 · LXL04_006323 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05008.22V-SNARE1-91 aa

PF12352.14V-SNARE_C128-193 aa

PF03908.19Sec20135-216 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006323	`PF05008.22`	V-SNARE	1	91	1.4e-32	112.7
LXL04_006323	`PF12352.14`	V-SNARE_C	128	193	2.1e-21	76.7
LXL04_006323	`PF03908.19`	Sec20	135	216	1.4e-06	28.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVP9`	拟南芥	Vesicle transport v-SNARE 13	72.851%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SEL6`	拟南芥	Vesicle transport v-SNARE 11	74.208%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SEL5`	拟南芥	Vesicle transport v-SNARE 12	67.727%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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