LXL04_006217 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006217

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 4123456-4134852 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3189 bp · LXL04_006217|LXL04_006217|OH1004|cDNA

ATGGCGGAGAGAAAGGAGAAGGATGACGTGGACAGGAAGATCACGATTGGCGTTTGCGTTATGGAAAAGAAGGTGAAATGCGGCCTGGAGGTTTTCTCGGCGCCTATGGGGCAAATTCTGGAAAGGTTGCAAGCTTTTGGTGAATTTGAGATCATCCATTTCGGGGACAGAGTTATCCTAGAGGAACCTGTAGAGAgGTGGCCAATATGTGATTGTTTGATTGCTTTCCATTCTTCTGGGTATCCACTTGAaaaagctga...

CDS

下载 CDS FASTA

3189 bp · LXL04_006217|LXL04_006217|OH1004|CDS

ATGGCGGAGAGAAAGGAGAAGGATGACGTGGACAGGAAGATCACGATTGGCGTTTGCGTTATGGAAAAGAAGGTGAAATGCGGCCTGGAGGTTTTCTCGGCGCCTATGGGGCAAATTCTGGAAAGGTTGCAAGCTTTTGGTGAATTTGAGATCATCCATTTCGGGGACAGAGTTATCCTAGAGGAACCTGTAGAGAGGTGGCCAATATGTGATTGTTTGATTGCTTTCCATTCTTCTGGGTATCCACTTGAAAAAGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1062 aa · LXL04_006217|LXL04_006217|OH1004|PROTEIN

MAERKEKDDVDRKITIGVCVMEKKVKCGLEVFSAPMGQILERLQAFGEFEIIHFGDRVILEEPVERWPICDCLIAFHSSGYPLEKAEAYAALRKPFLVNELEQQHLLHDRRKVYECLESFGIPVPRYALVNREKPYQDLDYFVEEEDFVEVHGQRFGKPFVEKPIHGDDHSIMIYYPSSAGGGMKELFRKVGNRSSEFHPEVRRVRRESSYIYEEFMPTGGTDVKVYTVGPEYAHAEARKSPVVDGVVMRNPDGKEVRYP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006217`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006217

位置 Chr02:4123456-4134852 (-)

描述 Similar to VIP2: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase VIP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15070`	双功能肌醇激酶，与IP6K激酶协同作用合成含二磷酸基团的肌醇焦磷酸盐：二磷酸肌醇五磷酸（PP-InsP5）和双二磷酸肌醇四磷酸（(PP)2-InsP4）。	暂无已核实直接文献
`At3g01310`	双功能肌醇激酶，与 IP6K 激酶协同作用，合成含有二磷酸基团的肌醇焦磷酸二磷酸肌醇五磷酸和双二磷酸肌醇四磷酸 2-InsP4。	Genetic basis for natural variation in seed vitamin E levels in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0606221103 VIH2 Regulates the Synthesis of Inositol Pyrophosphate InsP8 and Jasmonate-Dependent Defenses in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.135160

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006020 inositol metabolic process 生物过程

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0032958 inositol phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:1900367 positive regulation of defense response to insect 生物过程

GO:1904966 positive regulation of vitamin E biosynthetic process 生物过程

GO:1905036 positive regulation of antifungal innate immune response 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0000827 inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01310

ath:AT5G15070

dme:Dmel_CG14616

mmu:227399

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.544

排名 1 · LXL04_006217 · OH-1004

细胞核0.309

排名 2 · LXL04_006217 · OH-1004

细胞膜0.182

排名 3 · LXL04_006217 · OH-1004

线粒体0.113

排名 4 · LXL04_006217 · OH-1004

内质网0.076

排名 5 · LXL04_006217 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18086.8PPIP5K2_N14-109 aa

PF00328.28His_Phos_2369-950 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006217	`PF18086.8`	PPIP5K2_N	14	109	1.9e-36	124.8
LXL04_006217	`PF00328.28`	His_Phos_2	369	950	5.9e-72	243.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WW3`	拟南芥	Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase VIP2	81.599%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4J8C6`	拟南芥	Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase VIP1	80.835%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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