LXL04_006191 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006191

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 3440938-3452821 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3864 bp · LXL04_006191|LXL04_006191|OH1004|cDNA

ATGAATGAAGAAATCATAAGGTGCAAAACAGAAGTGGGAAAACACAGAAATCTTCCCCAATTTGTCTTCCCTGAGGGTTATTCACAATACTTCACAGGGATGAAACGATTGCGGGATGATGGATATAGTAACAACTCTCAATTCAAGCGGCCGTATATTTCTCCTCGAGGCGAACCACACAGTCAACCTCATGGAGATGAAGGGGCAGGAGGGGGCGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGCTAGTAGTCCACAAAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

3864 bp · LXL04_006191|LXL04_006191|OH1004|CDS

ATGAATGAAGAAATCATAAGGTGCAAAACAGAAGTGGGAAAACACAGAAATCTTCCCCAATTTGTCTTCCCTGAGGGTTATTCACAATACTTCACAGGGATGAAACGATTGCGGGATGATGGATATAGTAACAACTCTCAATTCAAGCGGCCGTATATTTCTCCTCGAGGCGAACCACACAGTCAACCTCATGGAGATGAAGGGGCAGGAGGGGGCGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGCTAGTAGTCCACAAAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1287 aa · LXL04_006191|LXL04_006191|OH1004|PROTEIN

MNEEIIRCKTEVGKHRNLPQFVFPEGYSQYFTGMKRLRDDGYSNNSQFKRPYISPRGEPHSQPHGDEGAGGGGGGGGGGGASSPQKLTTNDALSYLKQVKDMFHDQREKYNMFLDVMKDFKAQRLDTTGVIEKVKALFKGHNNLIFGFNTFLPKGYEITVIEEEEPPPTKRTVEFEEAISFVNKIKTRFRNDDRVYKSFLEILNMYRREHKGIKEVYQEVASLFEDQRDLLEEFTKFLPDASAHHHASSLGRHSYNRYDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006191`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006191

位置 Chr02:3440938-3452821 (-)

描述 Similar to SNL2: Paired amphipathic helix protein Sin3-like 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15020`	作为转录阻遏蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g01320`	作为转录阻遏蛋白。	PAH-domain-specific interactions of the Arabidopsis transcription coregulator SIN3-LIKE1 (SNL1) with telomere-binding protein 1 and ALWAYS EARLY2 Myb-DNA binding factors.2010 · DOI: 10.1016/j.jmb.2009.11.065
`At1g70060`	作为转录阻遏蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g24190`	作为转录阻遏蛋白。	Role of an Arabidopsis AP2/EREBP-type transcriptional repressor in abscisic acid and drought stress responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033043
`At1g59890`	作为转录阻遏蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006191 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0070822 Sin3-type complex 细胞组分

GO:0003714 transcription corepressor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G70060

ath:AT3G01320

ath:AT5G15020

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.930

排名 1 · LXL04_006191 · OH-1004

细胞质0.134

排名 2 · LXL04_006191 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_006191 · OH-1004

内质网0.013

排名 4 · LXL04_006191 · OH-1004

线粒体0.011

排名 5 · LXL04_006191 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02671.27PAH108-152 aa

PF02671.27PAH195-238 aa

PF02671.27PAH386-430 aa

PF08295.18Sin3_corepress495-587 aa

PF16879.11Sin3a_C1008-1254 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006191	`PF02671.27`	PAH	108	152	2.2e-50	168.8
LXL04_006191	`PF02671.27`	PAH	195	238	2.2e-50	168.8
LXL04_006191	`PF02671.27`	PAH	386	430	2.2e-50	168.8
LXL04_006191	`PF08295.18`	Sin3_corepress	495	587	2.1e-34	118.2
LXL04_006191	`PF16879.11`	Sin3a_C	1008	1254	1.8e-43	149.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFQ3`	拟南芥	Paired amphipathic helix protein Sin3-like 2	59.517%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRH9`	拟南芥	Paired amphipathic helix protein Sin3-like 1	58.808%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O04539`	拟南芥	Paired amphipathic helix protein Sin3-like 4	50.803%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O48686`	拟南芥	Paired amphipathic helix protein Sin3-like 3	53.056%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XIE1`	拟南芥	Paired amphipathic helix protein Sin3-like 5	46.476%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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