LXL04_006114 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006114

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 1941125-1950954 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3639 bp · LXL04_006114|LXL04_006114|OH1004|cDNA

ATGGATTCGTACTCGCTTAAGTGTGTCTCAGATCTACCTGATCCTTTCCGTGCAACTTTTAGTTTCAGGTATTTCAACTCGCTGCAGAGTGAATGCTTTTCAGCTTGTTTCCACTCCGACATCAACATGGTTATCTCAGCACCAACCGGCAGTGGGAAGACAGTGCTTTTTGAATTATCCATATTGCGGCTTCTATCTAAGTTCATCTCCCATGAAGGAAGATTTAATCATACGAAGGGAACTCTGAAAACAATATATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3639 bp · LXL04_006114|LXL04_006114|OH1004|CDS

ATGGATTCGTACTCGCTTAAGTGTGTCTCAGATCTACCTGATCCTTTCCGTGCAACTTTTAGTTTCAGGTATTTCAACTCGCTGCAGAGTGAATGCTTTTCAGCTTGTTTCCACTCCGACATCAACATGGTTATCTCAGCACCAACCGGCAGTGGGAAGACAGTGCTTTTTGAATTATCCATATTGCGGCTTCTATCTAAGTTCATCTCCCATGAAGGAAGATTTAATCATACGAAGGGAACTCTGAAAACAATATATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1212 aa · LXL04_006114|LXL04_006114|OH1004|PROTEIN

MDSYSLKCVSDLPDPFRATFSFRYFNSLQSECFSACFHSDINMVISAPTGSGKTVLFELSILRLLSKFISHEGRFNHTKGTLKTIYISPSKALVQEKLRSWNQKLGSWGINCLELTGDNESYSIKNIQDADIVLTTPEKFDAVTRFGIKDGGLSFFSDISLVLIDEVHLLNDPRGAALEAIVSRIKMIGRSPQMEKTPLAHVRFLAVSATIPNIDDLAEWLMVPVQGIKRFGEEMRPVKLTTKVFGYTPAKNDFLFEKAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006114`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006114

位置 Chr02:1941125-1950954 (+)

描述 Similar to MER3: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27730`	DNA 解旋酶是减数分裂期间交叉形成、同源染色体完整联会和二价形成所需的。	Two meiotic crossover classes cohabit in Arabidopsis: one is dependent on MER3,whereas the other one is not.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.02.056 The Arabidopsis ROCK-N-ROLLERS gene encodes a homolog of the yeast ATP-dependent DNA helicase MER3 and is required for normal meiotic crossover formation.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02461.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0617500`	DNA 解旋酶是减数分裂期间交叉形成、同源染色体完整联会和二价形成所需的。	MER3 is required for normal meiotic crossover formation, but not for presynaptic alignment in rice.2009 · DOI: 10.1242/jcs.049080 ZIP4 in homologous chromosome synapsis and crossover formation in rice meiosis.2012 · DOI: 10.1242/jcs.090993

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006114 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0051026 chiasma assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003678 DNA helicase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27730

dosa:Os02g0617500

hsa:164045

mmu:330149

xtr:779837

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.797

排名 1 · LXL04_006114 · OH-1004

细胞质0.223

排名 2 · LXL04_006114 · OH-1004

线粒体0.064

排名 3 · LXL04_006114 · OH-1004

细胞膜0.025

排名 4 · LXL04_006114 · OH-1004

内质网0.013

排名 5 · LXL04_006114 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270.36DEAD27-216 aa

PF04851.22ResIII38-181 aa

PF00271.38Helicase_C343-425 aa

PF23445.2WHD_SNRNP200457-535 aa

PF02889.22Sec63546-861 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006114	`PF00270.36`	DEAD	27	216	5.4e-29	101.8
LXL04_006114	`PF04851.22`	ResIII	38	181	8.4e-08	33.0
LXL04_006114	`PF00271.38`	Helicase_C	343	425	1e-12	49.0
LXL04_006114	`PF23445.2`	WHD_SNRNP200	457	535	1.1e-11	45.4
LXL04_006114	`PF02889.22`	Sec63	546	861	9.4e-41	140.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5D892`	拟南芥	ATP-dependent DNA helicase homolog MER3	68.431%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B6DMK2`	水稻	ATP-dependent DNA helicase MER3 homolog	56.544%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情