LXL04_006111 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006111

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 1893676-1899341 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

986 bp · LXL04_006111|LXL04_006111|OH1004|cDNA

ATGAGGACCACATCGGTGTCGGAGCTCAACGATGGCATCATCCATAGTATGTCTATCGGGGCACTATTTTCAGATTTCGTGGGAAAAATAAACGCGCTTGATTTTCATCGCACTGCGGATCTACTTGTAACAACAGGTGAAGATGATTCTGTACGGTTATATGACATAGCAAATGGCAAGTTACTAAAGACCACACATCATAAAAAACATGGTGCTGATCGTATATGTTTTACACACCACCCTAGTTCTGTTATATGCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

972 bp · LXL04_006111|LXL04_006111|OH1004|CDS

ATGAGGACCACATCGGTGTCGGAGCTCAACGATGGCATCATCCATAGTATGTCTATCGGGGCACTATTTTCAGATTTCGTGGGAAAAATAAACGCGCTTGATTTTCATCGCACTGCGGATCTACTTGTAACAACAGGTGAAGATGATTCTGTACGGTTATATGACATAGCAAATGGCAAGTTACTAAAGACCACACATCATAAAAAACATGGTGCTGATCGTATATGTTTTACACACCACCCTAGTTCTGTTATATGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

323 aa · LXL04_006111|LXL04_006111|OH1004|PROTEIN

MRTTSVSELNDGIIHSMSIGALFSDFVGKINALDFHRTADLLVTTGEDDSVRLYDIANGKLLKTTHHKKHGADRICFTHHPSSVICSSTRNLDSESLRYLSMYDNRCLRYFKGHKERVVSLCTSPVDDSFMSGSLDHTVRIWDLRVNACQGILGLRGRPTVAYDQQGLVFAVSMEGGAIKLFDSRSYDKGPFDTFLVGGDMAEIWDIKFSNDGKSMLLTTKSNSIYVLDAYNGEKRCGFSVDASPNTTIESTFTPDGQYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006111`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006111

位置 Chr02:1893676-1899341 (-)

描述 Similar to APRF1: Protein ANTHESIS POMOTING FACTOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14530`	核内染色质调控复合物的组成部分（通过相似性推测）。	APRF1 promotes flowering under long days in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2016.09.015

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006111 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001111 RNA polymerase II promoter clearance 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0032785 negative regulation of DNA-templated transcription, elongation 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0071027 nuclear RNA surveillance 生物过程

GO:0110064 lncRNA catabolic process 生物过程

GO:0140744 negative regulation of lncRNA transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14530

dme:Dmel_CG17293

dre:321614

xla:735072

xtr:448141

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.725

排名 1 · LXL04_006111 · OH-1004

细胞质0.297

排名 2 · LXL04_006111 · OH-1004

溶酶体／液泡0.062

排名 3 · LXL04_006111 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 4 · LXL04_006111 · OH-1004

高尔基体0.027

排名 5 · LXL04_006111 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st22-144 aa

PF24814.2WD40_Prp1924-219 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC328-90 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR529-307 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz29-145 aa

PF24796.2WDR5529-149 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd29-146 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st30-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006111	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	22	144	3.9e-28	99.1
LXL04_006111	`PF24814.2`	WD40_Prp19	24	219	9.3e-24	84.7
LXL04_006111	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	28	90	1.6e-31	110.1
LXL04_006111	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	29	307	8.9e-35	121.1
LXL04_006111	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	29	145	1.7e-19	71.0
LXL04_006111	`PF24796.2`	WDR55	29	149	2.5e-16	60.3
LXL04_006111	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	29	146	2.9e-15	57.1
LXL04_006111	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	30	185	2.3e-27	96.8
LXL04_006111	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	32	306	2.5e-11	44.1
LXL04_006111	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	38	150	9.4e-20	71.7
LXL04_006111	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	98	148	3.9e-28	99.1
LXL04_006111	`PF00400.39`	WD40	106	143	2.3e-20	72.8
LXL04_006111	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	107	153	8.2e-11	42.2
LXL04_006111	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	109	274	1.3e-07	32.1
LXL04_006111	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	110	296	1.6e-31	110.1
LXL04_006111	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	110	272	2.7e-12	47.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYK6`	拟南芥	Protein ANTHESIS PROMOTING FACTOR 1	74.528%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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