LXL04_006079 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006079

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 1414279-1415680 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

933 bp · LXL04_006079|LXL04_006079|OH1004|cDNA

TCGAATGCCACCACTATTACATCCCCGCCATCTCAAAAACCAGCTCCATCAAGTAGGAGGCATACCCTCATCGTGTTCTGTTCATCTCTCCCCCCAACAATGGCTACCAGTTTGGTCCGACGAGCTCTCTCTAGGGTTCAATCGTCTCCGGCCGCGAAGCTTTTTCTCTCCCGAGCGCATGCATCGGAGCCTCAAAATCAACAAGCGAAGCCAGTCGCCCAATCTTCACACAACCTCAAAAACTTTCAAATCTACCGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · LXL04_006079|LXL04_006079|OH1004|CDS

ATGGCTACCAGTTTGGTCCGACGAGCTCTCTCTAGGGTTCAATCGTCTCCGGCCGCGAAGCTTTTTCTCTCCCGAGCGCATGCATCGGAGCCTCAAAATCAACAAGCGAAGCCAGTCGCCCAATCTTCACACAACCTCAAAAACTTTCAAATCTACCGATGGAATCCAGACAATCCTGCAAAACCAGAGCTCAAAAACTACGAGATCGACCTTAAGGAGTGCGGTCCTATGGTCCTCGATGCACTGATTAAGATCAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

277 aa · LXL04_006079|LXL04_006079|OH1004|PROTEIN

MATSLVRRALSRVQSSPAAKLFLSRAHASEPQNQQAKPVAQSSHNLKNFQIYRWNPDNPAKPELKNYEIDLKECGPMVLDALIKIKNEIDPTLTFRRSCREGICGSCAMNIDGCNGLACLTKIPSGDATMITPLPHMFVIKDLVVDMTNFYNQYKSIEPWLKRKSPPAAGWEGKEIYQSKKDRAKLDGMYECILCACCSTSCPSYWWNPESYLGPAALLHANRWIMDSRDEYTQERLDDVNDEFKLYRCHTILNCARACP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006079`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006079

位置 Chr02:1414279-1415680 (+)

描述 Similar to SDH2-2: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit 2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40650`	富含铁-硫蛋白（IP）亚基的琥珀酸脱氢酶（SDH），参与线粒体电子传递链的复合物Ⅱ，并负责将电子从琥珀酸转移到泛醌（辅酶Q）。	暂无已核实直接文献
`At3g27380`	富含铁-硫蛋白（IP）亚基的琥珀酸脱氢酶（SDH），参与线粒体电子传递链的复合物Ⅱ，并负责将电子从琥珀酸转移到泛醌（辅酶Q）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0120000`	富含铁-硫蛋白（IP）亚基的琥珀酸脱氢酶（SDH），参与线粒体电子传递链的复合物Ⅱ，并负责将电子从琥珀酸转移到泛醌（辅酶Q）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006079 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006121 mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone 生物过程

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0022904 respiratory electron transport chain 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

GO:0045273 respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) 细胞组分

GO:0000104 succinate dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27380

ath:AT5G40650

dme:Dmel_CG3283

dosa:Os08g0120000

spo:2542842

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.947

排名 1 · LXL04_006079 · OH-1004

细胞质0.055

排名 2 · LXL04_006079 · OH-1004

细胞核0.046

排名 3 · LXL04_006079 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 4 · LXL04_006079 · OH-1004

质体0.023

排名 5 · LXL04_006079 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13085.12Fer2_348-151 aa

PF13183.12Fer4_8189-263 aa

PF13534.12Fer4_17191-264 aa

PF13237.12Fer4_10191-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006079	`PF13085.12`	Fer2_3	48	151	2e-33	115.3
LXL04_006079	`PF13183.12`	Fer4_8	189	263	7.6e-09	36.7
LXL04_006079	`PF13534.12`	Fer4_17	191	264	3.1e-09	38.0
LXL04_006079	`PF13237.12`	Fer4_10	191	260	8.8e-08	32.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LB02`	拟南芥	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit 2, mitochondrial	75.986%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LBZ7`	拟南芥	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit 1, mitochondrial	75.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S827`	水稻	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit 1, mitochondrial	67.986%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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