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基因概览

LXL04_005548

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 168136737-168139207 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

987 bp · LXL04_005548|LXL04_005548|OH1004|cDNA

aTGTCAATGTCTTCTGAAATCTATGAATTTGATGGATGTCTTTTCAATGATCCATTTTCAACCATTGACATCCTCCAAACTTTCCAAGAACACAATTACAACTACACCCCTTTACTACCATCGCCACCCTTGACCTTCAACCAAGAAAATCTTGACACCCCATTTGAAGAAATTGACCCAATTACCCCCACCATCATCCTCTCTTCCTCCCCACCATCCCACCAGCTTCAAAACCTCTCGCTTTATAACCAAATGGGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · LXL04_005548|LXL04_005548|OH1004|CDS

ATGTCAATGTCTTCTGAAATCTATGAATTTGATGGATGTCTTTTCAATGATCCATTTTCAACCATTGACATCCTCCAAACTTTCCAAGAACACAATTACAACTACACCCCTTTACTACCATCGCCACCCTTGACCTTCAACCAAGAAAATCTTGACACCCCATTTGAAGAAATTGACCCAATTACCCCCACCATCATCCTCTCTTCCTCCCCACCATCCCACCAGCTTCAAAACCTCTCGCTTTATAACCAAATGGGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

328 aa · LXL04_005548|LXL04_005548|OH1004|PROTEIN

MSMSSEIYEFDGCLFNDPFSTIDILQTFQEHNYNYTPLLPSPPLTFNQENLDTPFEEIDPITPTIILSSSPPSHQLQNLSLYNQMGISVTSSNDVLDSCNLEVKTEESQLPLCDNYYYGGSDHAFKMMQRSYSSNSFQSQEKSNGVLYQPKFNGLIESANLHSQVVTSPDHSFSSTHMRRVCSTGDLQSPKVNQTSQRLSSSPLSTESSFMEEANFKVGRYNAEERKEKIMRYRAKRTQRNFNKTIKYACRKTLADNRPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005548`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005548

位置 Chr01:168136737-168139207 (+)

描述 Similar to COL4: Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24930`	锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 4。	暂无已核实直接文献
`At5g57660`	锌指蛋白 CONSTANS-LIKE 5。	暂无已核实直接文献
`At2g24790`	锌指蛋白CONSTANS-LIKE 3。	暂无已核实直接文献
`At3g02380`	推测的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0240200`	可能是一个转录因子，参与短日（SD）条件下开花时间的调控。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005548 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010161 red light signaling pathway 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0048577 negative regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24790

ath:AT3G02380

ath:AT5G24930

ath:AT5G57660

dosa:Os09g0240200

osa:4346474

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.812

排名 1 · LXL04_005548 · OH-1004

细胞质0.323

排名 2 · LXL04_005548 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 3 · LXL04_005548 · OH-1004

内质网0.026

排名 4 · LXL04_005548 · OH-1004

线粒体0.020

排名 5 · LXL04_005548 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06203.20CCT226-268 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005548	`PF06203.20`	CCT	226	268	4.4e-19	69.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940T9`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 4	48.438%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FHH8`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 5	54.348%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SK53`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 3	41.379%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q96502`	拟南芥	Zinc finger protein CONSTANS-LIKE 2	55.814%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O82117`	水稻	Zinc finger protein CO3	33.028%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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