LXL04_005540 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005540

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 167899844-167902995 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1953 bp · LXL04_005540|LXL04_005540|OH1004|cDNA

ATGGCTGAAGAAGAGAAGATCATTAGAGAGAGTAATACTATGGTAGTTGACAATTCTACAGATAATTACAATTGTTACTCGGATGACgatgatcatcatcatcatcatgtGAATTCATCAAATAACCGTAATGCTACAAATACCTTCGATACAAGCCCTTTAGAGATCTTCAACTACGAGTCACACAACTCAGTGAGTCACAACTCAGGGATGTTCTGGAAAGACCCGTCTTCTCCACCTTCTTCCAAACCCATAACCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1953 bp · LXL04_005540|LXL04_005540|OH1004|CDS

ATGGCTGAAGAAGAGAAGATCATTAGAGAGAGTAATACTATGGTAGTTGACAATTCTACAGATAATTACAATTGTTACTCGGATGACGATGATCATCATCATCATCATGTGAATTCATCAAATAACCGTAATGCTACAAATACCTTCGATACAAGCCCTTTAGAGATCTTCAACTACGAGTCACACAACTCAGTGAGTCACAACTCAGGGATGTTCTGGAAAGACCCGTCTTCTCCACCTTCTTCCAAACCCATAACCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

650 aa · LXL04_005540|LXL04_005540|OH1004|PROTEIN

MAEEEKIIRESNTMVVDNSTDNYNCYSDDDDHHHHHVNSSNNRNATNTFDTSPLEIFNYESHNSVSHNSGMFWKDPSSPPSSKPITDSDFYNFDESSLQRCVFPCEPNERPSQGLSLSLSSAHPPTIGIQQFELVRSQEHQYEHHDHHHQGYFGKSMSMDHEQHHQDMMSTQDGFLGKPGNIISGSGGDGDVDGGGGGGGGHYNHYQSGQYNIRNSRYLVPVQELLNEFCNLGSKKSDYLPKAKGVDVTSNQWQDHDNTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005540`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005540

位置 Chr01:167899844-167902995 (-)

描述 Similar to BEL1: Homeobox protein BEL1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g41410`	通过与MADS-box因子互作，在胚珠模式形成及珠被特性决定中发挥主要作用。	Homeotic Transformation of Ovules into Carpel-like Structures in Arabidopsis.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.3.333 Genetic and molecular interactions between BELL1 and MADS box factors support ovule development in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051797 The transcription factors BEL1 and SPL are required for cytokinin and auxin signaling during ovule development in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.100164
`At4g36870`	通过抑制叶片特定亚区的生长来确定叶片形状的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g23760`	通过抑制叶片特定亚区的生长来确定叶片形状的转录因子。	The Arabidopsis BEL1-LIKE HOMEODOMAIN proteins SAW1 and SAW2 act redundantly to regulate KNOX expression spatially in leaf margins.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048769
`At4g34610`	类 BEL1 同源域蛋白 6。	暂无已核实直接文献
`At1g75410`	参与SHOOT MERISTEMLESS（STM，茎端分生组织相关蛋白）核输入的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005540 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0048363 mucilage pectin metabolic process 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75410

ath:AT2G23760

ath:AT4G34610

ath:AT4G36870

ath:AT5G41410

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · LXL04_005540 · OH-1004

细胞质0.090

排名 2 · LXL04_005540 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 3 · LXL04_005540 · OH-1004

内质网0.024

排名 4 · LXL04_005540 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_005540 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07526.17POX213-341 aa

PF05920.18Homeobox_KN411-450 aa

PF00046.36Homeodomain418-450 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005540	`PF07526.17`	POX	213	341	1.1e-48	165.9
LXL04_005540	`PF05920.18`	Homeobox_KN	411	450	1.4e-18	67.2
LXL04_005540	`PF00046.36`	Homeodomain	418	450	3.1e-06	27.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38897`	拟南芥	Homeobox protein BEL1 homolog	47.906%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SW80`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 2	58.039%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94KL5`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 4	57.752%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65685`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 6	45.257%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FWS9`	拟南芥	BEL1-like homeodomain protein 3	51.471%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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