LXL04_005460 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005460

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 164587163-164588742 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

867 bp · LXL04_005460|LXL04_005460|OH1004|cDNA

ATGAGCTTTCAAGATCTTGAATCCGGTCGTCAGTTCAATTCAAAGCGAGGTGGATACACTAATGGCGTCAGGAAACAGGATCCGACTCAAGCTATTGCTTCCGGAATTTTCCAGATCAATACCGCCGTCTCTACGTTTCAGAGGCTAGTCAATACCCTTGGTACACCTAAAGATACCCCCGAACTTCGAGAAAAACTGCACAAAACAAGATTACATATTGGGCAATTGGTGAAGGACACTTCAGAAAAACTGAAGCAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

867 bp · LXL04_005460|LXL04_005460|OH1004|CDS

ATGAGCTTTCAAGATCTTGAATCCGGTCGTCAGTTCAATTCAAAGCGAGGTGGATACACTAATGGCGTCAGGAAACAGGATCCGACTCAAGCTATTGCTTCCGGAATTTTCCAGATCAATACCGCCGTCTCTACGTTTCAGAGGCTAGTCAATACCCTTGGTACACCTAAAGATACCCCCGAACTTCGAGAAAAACTGCACAAAACAAGATTACATATTGGGCAATTGGTGAAGGACACTTCAGAAAAACTGAAGCAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

288 aa · LXL04_005460|LXL04_005460|OH1004|PROTEIN

MSFQDLESGRQFNSKRGGYTNGVRKQDPTQAIASGIFQINTAVSTFQRLVNTLGTPKDTPELREKLHKTRLHIGQLVKDTSEKLKQASETDHRAQVTASKKITDAKLAKDFQAVLKEFQKAQRLAAERETAYTPFVPQAVLPSSYAASEMDISSDKNPEQRALLVESRRQEVLLLDNEIAFNEAIIEEREQGIIEIQNQIGEVNEIFKDLAVLVHEQGAMIDDIGSNIENSHAATSQARVHLSKASKTQRANSSMVNYLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005460`
TK1151 ID	TkA03G453060
OH-1004 ID	LXL04_005460
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005460

位置 Chr01:164587163-164588742 (+)

描述 Similar to SYP22: Syntaxin-22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46860`	可能在液泡组件中提供t-SNARE功能。	The occurrence of 'bulbs', a complex configuration of the vacuolar membrane, is affected by mutations of vacuolar SNARE and phospholipase in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04665.x SGR1, SGR2, SGR3: novel genetic loci involved in shoot gravitropism in Arabidopsis thaliana.1996 · DOI: 10.1104/pp.110.3.945
`At4g17730`	可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g16830`	可能在运输囊泡与前液泡膜的对接或融合中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g32270`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005460 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0009597 detection of virus 生物过程

GO:0009660 amyloplast organization 生物过程

GO:0009959 negative gravitropism 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32270

ath:AT4G17730

ath:AT5G16830

ath:AT5G46860

pon:100174669

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.333

排名 1 · LXL04_005460 · OH-1004

高尔基体0.275

排名 2 · LXL04_005460 · OH-1004

溶酶体／液泡0.271

排名 3 · LXL04_005460 · OH-1004

细胞膜0.224

排名 4 · LXL04_005460 · OH-1004

内质网0.167

排名 5 · LXL04_005460 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14523.13Syntaxin_229-164 aa

PF29732.1Syntaxin_R9BP38-119 aa

PF05739.27SNARE185-259 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005460	`PF14523.13`	Syntaxin_2	29	164	1.2e-38	132.8
LXL04_005460	`PF29732.1`	Syntaxin_R9BP	38	119	5.3e-06	27.0
LXL04_005460	`PF05739.27`	SNARE	185	259	1.9e-22	79.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93654`	拟南芥	Syntaxin-22	74.615%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O04378`	拟南芥	Syntaxin-23	75.410%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39233`	拟南芥	Syntaxin-21	60.741%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C615`	拟南芥	Putative syntaxin-24	52.814%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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