基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_005405
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 162690949-162696060
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2520 bp · LXL04_005405|LXL04_005405|OH1004|cDNA
AATACCCCCATCAAACGATCACTTCGAAGGTCATCGAAGGGCAAAATCGTCGTTTTAGTCTTCACCCACCTCAAAATCCCGCCAACACGTTTGTGGTGTGTGGGAAagatgaagctatcttcctcaAAACAACACTTTCCTCTGTTTTCTCCTTCTAATGGCACCTCTAAGTTACACTTCACTACCCTCATCAAACCCTCATTTACACATTCTCACCTCCATTTTCCCTATGCACATGCTCTCGAcgcttcttcttcctc...
CDS
下载 CDS FASTA2430 bp · LXL04_005405|LXL04_005405|OH1004|CDS
TTGTGGTGTGTGGGAAAGATGAAGCTATCTTCCTCAAAACAACACTTTCCTCTGTTTTCTCCTTCTAATGGCACCTCTAAGTTACACTTCACTACCCTCATCAAACCCTCATTTACACATTCTCACCTCCATTTTCCCTATGCACATGCTCTCGACGCTTCTTCTTCCTCCTCCGCGGCATCGACTCCGGCACCGGTGCTTGGCCAAGATGCAATTCCCGTCGAACTCGACGATACTGAAAGCGGTGAAGCGGCCAATCA...
809 aa · LXL04_005405|LXL04_005405|OH1004|PROTEIN
MWCVGKMKLSSSKQHFPLFSPSNGTSKLHFTTLIKPSFTHSHLHFPYAHALDASSSSSAASTPAPVLGQDAIPVELDDTESGEAANQTLDDLLVVRRPVMESTDDGEYGEDDDVESEIDQESSSFTSTSSVIDTNLSNFAMKMPIFEPKRVGSSSTSETPLVVNLDLALYKAKVLARNFRYKEAEEVLQKCISIWPEDGRCYVALGKILGKQSKSNEARAVYEKGCQATQGENAYIWQVSLAIHPYSRDYYCKPYISFPL...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_005405 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_005405 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:162690949-162696060 (-) | |||||||||
| 描述 | Similar to HCF107: Protein high chlorophyll fluorescent 107 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程 GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006417 regulation of translation 生物过程 GO:0009657 plastid organization 生物过程 GO:0010114 response to red light 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G17040 spo:2541185 yli:2907810 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
质体0.891
细胞核0.076
线粒体0.070
细胞质0.043
细胞膜0.021
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13424.13TPR_12170-227 aaPF23241.2HAT_PRP39_C286-394 aaPF29376.1PRP6_TPR332-466 aaPF13428.13TPR_14363-402 aaPF29376.1PRP6_TPR444-555 aaPF23241.2HAT_PRP39_C447-544 aaPF13424.13TPR_12473-529 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_005405 | PF13424.13 | TPR_12 | 170 | 227 | 4.2e-19 | 69.2 |
| LXL04_005405 | PF23241.2 | HAT_PRP39_C | 286 | 394 | 3e-10 | 41.0 |
| LXL04_005405 | PF29376.1 | PRP6_TPR | 332 | 466 | 9.3e-22 | 78.0 |
| LXL04_005405 | PF13428.13 | TPR_14 | 363 | 402 | 1.9e-28 | 96.7 |
| LXL04_005405 | PF29376.1 | PRP6_TPR | 444 | 555 | 9.3e-22 | 78.0 |
| LXL04_005405 | PF23241.2 | HAT_PRP39_C | 447 | 544 | 3e-10 | 41.0 |
| LXL04_005405 | PF13424.13 | TPR_12 | 473 | 529 | 4.2e-19 | 69.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。