LXL04_005388 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005388

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 162519382-162522968 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3126 bp · LXL04_005388|LXL04_005388|OH1004|cDNA

ATGAAAATGTTTCCTTTAGAGCAATTTGATATTTCTAAACTTCCGTACGACGATGCTTCTCCCGACAATCTTGATACTCTTTGTTTCAAATTCACCTCACCACCTCTTCAAAATACATTAAAATCTCCAGATTTCAAATTGGAAGACGATGAACAAAACAACCCTTTTGCATCACTTGGAATCGTTACAGACTTCCCAACCACATCATCAACATTTAATGGCGGCAAACAACTTCATGTTCCGATATGTAATAACGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3126 bp · LXL04_005388|LXL04_005388|OH1004|CDS

ATGAAAATGTTTCCTTTAGAGCAATTTGATATTTCTAAACTTCCGTACGACGATGCTTCTCCCGACAATCTTGATACTCTTTGTTTCAAATTCACCTCACCACCTCTTCAAAATACATTAAAATCTCCAGATTTCAAATTGGAAGACGATGAACAAAACAACCCTTTTGCATCACTTGGAATCGTTACAGACTTCCCAACCACATCATCAACATTTAATGGCGGCAAACAACTTCATGTTCCGATATGTAATAACGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1041 aa · LXL04_005388|LXL04_005388|OH1004|PROTEIN

MKMFPLEQFDISKLPYDDASPDNLDTLCFKFTSPPLQNTLKSPDFKLEDDEQNNPFASLGIVTDFPTTSSTFNGGKQLHVPICNNVEDSKTKRQNLSTPEKIRIAGQQFIDSYSLKADEVSELITHPFAVSFSGLSDDETKDIQLLLTLLSSAEKAGKKQFNRAKKLLQLCSDISLNEGNPVERLVYYFSEAIRMKINSEIGKVALNGLESMQFDLQEALMNVDTCIFAFHQKVPLSQVCQFSSFHTIIDNLYKSRKIHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005388`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005388

位置 Chr01:162519382-162522968 (-)

描述 Similar to RGL2: DELLA protein RGL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03450`	可能的转录调节因子，作为赤霉素信号通路的阻遏物。	Gibberellin regulates Arabidopsis seed germination via RGL2, a GAI/RGA-like gene whose expression is up-regulated following imbibition.2002 · DOI: 10.1101/gad.969002 Gibberellin regulates Arabidopsis floral development via suppression of DELLA protein function.2004 · DOI: 10.1242/dev.00992 Floral homeotic genes are targets of gibberellin signaling in flower development.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0402377101 Loss of function of four DELLA genes leads to light- and gibberellin-independent seed germination in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1007/s00425-005-0057-3 Phytohormone signalling pathways interact with sugars during seed germination and seedling development.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl096 Seed germination of GA-insensitive sleepy1 mutants does not require RGL2 protein disappearance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048009 Genetic and molecular regulation by DELLA proteins of trichome development in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.104794 High temperature-induced abscisic acid biosynthesis and its role in the inhibition of gibberellin action in Arabidopsis seeds.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.113738 The gibberellic acid signaling repressor RGL2 inhibits Arabidopsis seed germination by stimulating abscisic acid synthesis and ABI5 activity.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.061515 Transcriptional diversification and functional conservation between DELLA proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/molbev/msq012 A seed coat bedding assay shows that RGL2-dependent release of abscisic acid by the endosperm controls embryo growth in Arabidopsis dormant seeds.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1012896107

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q2TN88`	可能的转录调节因子，作为赤霉素 (GA) 信号通路的阻遏物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005388 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03450

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.665

排名 1 · LXL04_005388 · OH-1004

细胞核0.387

排名 2 · LXL04_005388 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 3 · LXL04_005388 · OH-1004

内质网0.051

排名 4 · LXL04_005388 · OH-1004

质体0.027

排名 5 · LXL04_005388 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03514.21GRAS148-503 aa

PF03514.21GRAS681-1039 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005388	`PF03514.21`	GRAS	148	503	2.1e-138	462.1
LXL04_005388	`PF03514.21`	GRAS	681	1039	2.1e-138	462.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GXW1`	拟南芥	DELLA protein RGL2	29.412%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2TN88`	水稻	DELLA protein SLR1	26.866%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情