LXL04_005197 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005197

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 157558701-157563454 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3192 bp · LXL04_005197|LXL04_005197|OH1004|cDNA

ATGGCGACGCCCGTCTCCCGCAAGAGAAAATTGGACGTCGAAGACGATGAACTTCTGATCCTCCTCTCCGAGCAACGCCGTGAACTGACTGCCGCTATCACTGCCGATTCCGACCTTGATTTCGCCTTCCAACTGCAAATGCAGGAAGCGATAAAAGTCTCTTTAACCTCTCAACCTTCTTCATCTTCGTCTTCCTCACACCAACCATTCCTCCTCCTTAACGAAGTCACAGACGCCCCTTCCGGCATCGCTCATCTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3192 bp · LXL04_005197|LXL04_005197|OH1004|CDS

ATGGCGACGCCCGTCTCCCGCAAGAGAAAATTGGACGTCGAAGACGATGAACTTCTGATCCTCCTCTCCGAGCAACGCCGTGAACTGACTGCCGCTATCACTGCCGATTCCGACCTTGATTTCGCCTTCCAACTGCAAATGCAGGAAGCGATAAAAGTCTCTTTAACCTCTCAACCTTCTTCATCTTCGTCTTCCTCACACCAACCATTCCTCCTCCTTAACGAAGTCACAGACGCCCCTTCCGGCATCGCTCATCTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1063 aa · LXL04_005197|LXL04_005197|OH1004|PROTEIN

MATPVSRKRKLDVEDDELLILLSEQRRELTAAITADSDLDFAFQLQMQEAIKVSLTSQPSSSSSSSHQPFLLLNEVTDAPSGIAHLVAEEIDNFERERSDRAVVEAEARNVQENLNRLIHDQIFARQIKGVPDDEWRKAGDNFEKPYGLSPSSIDEAFRVYFKGLVSDETVMNAKMPFAGIGVAICDTNDCCVFELRKPYLLGGNEGEGDLVELKALIEALNTAVTLGLRRVHIFCDSNSSYQYLTGKGRPTNNSSLTLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005197`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005197

位置 Chr01:157558701-157563454 (-)

描述 Similar to rbrA: Probable E3 ubiquitin-protein ligase rbrA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26130`	作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合体的一部分，接受特定E2泛素结合酶的泛素，并随后将其转移到底物上。	A forward genetic approach in Arabidopsis thaliana identifies a RING-type ubiquitin ligase as a novel determinant of seed longevity.2014 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2013.11.004
`At4g01020`	ATP依赖的RNA解旋酶 DEAH11，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At2g31760`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005197 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程

GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26130

ath:AT4G01020

ddi:DDB_G0286961

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.620

排名 1 · LXL04_005197 · OH-1004

细胞核0.412

排名 2 · LXL04_005197 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_005197 · OH-1004

内质网0.050

排名 4 · LXL04_005197 · OH-1004

线粒体0.045

排名 5 · LXL04_005197 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13456.13RVT_3175-293 aa

PF01485.28IBR395-451 aa

PF01485.28IBR466-519 aa

PF22191.3IBR_1478-516 aa

PF13456.13RVT_3704-826 aa

PF01485.28IBR928-987 aa

PF01485.28IBR998-1050 aa

PF22191.3IBR_11009-1047 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005197	`PF13456.13`	RVT_3	175	293	4.4e-32	111.3
LXL04_005197	`PF01485.28`	IBR	395	451	1e-27	96.7
LXL04_005197	`PF01485.28`	IBR	466	519	1e-27	96.7
LXL04_005197	`PF22191.3`	IBR_1	478	516	1.1e-11	45.2
LXL04_005197	`PF13456.13`	RVT_3	704	826	4.4e-32	111.3
LXL04_005197	`PF01485.28`	IBR	928	987	1e-27	96.7
LXL04_005197	`PF01485.28`	IBR	998	1050	1e-27	96.7
LXL04_005197	`PF22191.3`	IBR_1	1009	1047	1.1e-11	45.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4ITM1`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RSL1	36.695%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0CE10`	拟南芥	ATP-dependent RNA helicase DEAH11, chloroplastic	25.500%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SKC4`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI10	28.372%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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